Su primer acto como reina fue enviar al exilio al marqués de Pombal,[1]​ a quien jamás perdonó por haber maltratado a la familia Távora cuando ocurrió el episodio conocido como Processo dos Távoras (en español, «Proceso de los Távora») y que resultó en la condena a muerte de esta familia.

Mejoró las relaciones con España, firmando los tratados de San Ildefonso (1777) y El Pardo (1778).

María fue una reina amante de la paz, dedicada a las obras sociales.

Años después, al negarse a cumplir las órdenes de Napoleón para interrumpir el comercio con Gran Bretaña, Portugal fue invadido por un ejército franco-español comandado por el Mariscal Junot.

Mientras Napoleón era finalmente derrotado en 1815, María y la familia real portuguesa aún se encontraban en Brasil.