Sin embargo, debería ser considerada una leyenda la tradición tardía, recogida en el Acta de santa Afra, según la cual la diócesis habría sido fundada por san Narciso, obispo de Gerona en España, y habría tenido como primer obispo al tío del santa, san Dionisio.

La Reforma protestante tuvo cierto éxito en la diócesis, lo que supuso la transición a la nueva denominación religiosa de 142 parroquias (13.1% del total), 8 abadías masculinas y 5 femeninas, y 13 conventos de órdenes mendicantes.

Con la ayuda del jesuita Pietro Canisius, obispo de Viena, el obispo Otto Truchsess von Waldburg inició la Contrarreforma en su diócesis y fundó una Universidad Católica Reformada en Dilinga en 1549, que ayudó a difundir los ideales del Concilio de Trento también en el diócesis; en 1735 también se erigió el seminario de Pfaffenhausen.

En la época barroca, Augsburgo se enriqueció con numerosas obras de arte creadas gracias a importantes arquitectos, pintores y yeseros que trabajaron en las iglesias de la diócesis.

El último príncipe-obispo, Clemente Wenceslao de Sajonia, murió en 1812 y la diócesis permaneció vacante durante algunos años, tiempo durante el cual fue administrada por el vicario general Franz Friedrich von Sturmfeder.

[6]​ En 1823 se concedió a la diócesis el seminario estatal, lo que lo convirtió en el centro de formación de sus sacerdotes; fue reconstruido por el obispo Maximilian von Lingg en 1914; en 1862 se inauguró el seminario menor.

El primer obispo históricamente documentado es Wikterp (o Wigbert), en la primera mitad del siglo VIII; en el catálogo su nombre está precedido por el de otros nueve obispos, sobre los cuales las fuentes históricas guardan silencio.