Passau puede considerarse heredera de la diócesis de Lauriaco (Laureacum, Lorch en alemán), bastión romano situado en la confluencia del Inn y el Danubio, donde el cristianismo se difundió en el siglo III y que seguramente tuvo un obispo a partir del siglo IV.

Durante las grandes migraciones del este, el cristianismo en el Danubio fue completamente destruido, y la población celta y romana fue aniquilada o esclavizada.

La presencia cristiana se reanudó recién en el siglo VII con la conversión de los bávaros.

La organización eclesiástica de Baviera fue creada por Bonifacio, quién, con el apoyo del duque Odilo o al menos, promulgando un diseño más temprano del duque, erigió las cuatro sedes de Frisinga, Ratisbona, Passau, y Salzburgo.

Allí había una iglesia, el fundador de la cual no es conocido, dedicada a san Esteban.

Con el obispo Vivilo la diócesis anexionó a la antigua Lorch, que había devenido en un sitio pequeño y sin importancia.

Por la generosidad del duque, una catedral fue prontamente levantada cerca la iglesia de San Esteban, y allí el obispo vivió en común con su clero.

La Muerte Negra visitó el obispado bajo Gottfried II von Weitzenbeck (1342-1362).

George I von Hohenlohe (1388-1421), quién, después de que 1418, era canciller imperial, se opuso enérgicamente a los husitas.

El obispo-príncipe Wenzelaus von Thun (1664-1673) empezó la catedral nueva que fue completada treinta años más tarde por su sucesor el cardenal John Philip von Lamberg.

Por el Concordato bávaro de 1817 a la diócesis se le dieron fronteras nuevas.