Después de que Felipe II volviese a asumir la regencia, los archiduques marcharon en 1552 a Viena, donde estaba la corte de su suegro y tío, Fernando I.

María era una católica devota, teniendo problemas conyugales por la ambigüedad de su esposo.

Tuvo gran influencia sobre sus hijos, entre ellos los emperadores Rodolfo II y Matías.

Durante sus pocos años durante el reinado de su nieto, el rey Felipe III, representó cierta influencia en la corte defendiendo, junto a su sobrina, Margarita de Austria-Estiria, una facción católica y pro-austriaca.

Por su parte, ella surtió a sus familiares con retratos, reliquias e imágenes religiosas.