Bárbara de Habsburgo (Innsbruck, 30 de abril de 1539[1]-Ferrara, 19 de septiembre de 1572) fue una archiduquesa de Austria.
Era hija del emperador Fernando I del Sacro Imperio Romano Germánico y de su esposa, Ana Jagellón de Hungría y Bohemia.
El 5 de diciembre de 1565 se casó en Ferrara con Alfonso II de Este, duque de Ferrara, Módena y Reggio.
Este matrimonio no tuvo hijos.
Murió de tuberculosis con solo 33 años.