Sirvió también de precedente para la intervención extranjera en los asuntos dinásticos y religiosos alemanes que se repetiría en el futuro.

En 1548 los desacuerdos políticos se superponían con cuestiones religiosas, haciendo que cualquier tipo de acuerdo pareciera remoto.

Ordenó que se celebrase la dieta en Augsburgo, en la cual varios Estados podrían discutir los problemas religiosos y su solución.

[7]​ En la conferencia, Fernando halagó, persuadió y amenazó a varios representantes para ponerlos de acuerdo en tres importantes principios.

Lo primero es que Fernando había promulgado el artículo sobre la «reserva eclesiástica» a través del debate; no había sido sometidos al escrutinio y la discusión que asistieron a la amplia aceptación y apoyo del cuius regio, eius religio.

Fervoroso católico y un tanto inflexible gobernante, Felipe siguió una política muy agresiva, tanto económicamente como en lo concerniente a la religión, que contrastaba con la política de su padre en los Países Bajos, quien no había oprimido demasiado a la Reforma e incluso había tolerado un alto nivel de autonomía local.

Esto dio como resultado una rebelión holandesa poco después de que él se convirtiera en rey.

Esta práctica generalizada permitió a los hijos menores de las casas nobles encontrar puestos prestigiosos y financieramente seguros sin los requisitos del sacerdocio.

Asimismo, tenía contactos en importantes centros canónicos de Salzburgo, Tréveris, Wurzburgo y Münster, que también podían ejercer influencia.

Sus oponentes en el capítulo catedralicio solicitaron la ayuda exterior de los Wittelsbach en Baviera y del papa.

Sus partidarios protestantes le dijeron a Gebhard que podía casarse con Agnes y conservar el electorado convirtiéndolo en un ducado dinástico.

[44]​ La conversión del arzobispo de Colonia al protestantismo tuvo repercusiones religiosas y políticas en todo el Sacro Imperio.

Tras la ceremonia, la pareja fue en procesión hasta el palacio del elector en Bonn y dieron un gran banquete.

Bajo este principio, todos los súbditos de Gebhard tendrían que convertirse a su fe: «su regla, su religión».

Al comienzo fue una disputa entre partidarios de Gebhard y el núcleo católico del capítulo catedralicio.

[56]​ Aunque Gebhard había reunido algunas tropas para su causa, esperaba contar con el apoyo de los príncipes luteranos.

Cuando los cañones bávaros no destruían los bastiones, los zapadores hacían túneles bajo las espesas paredes y volaban las fortificaciones desde abajo.

Gebhard y Agnes escaparon a las rebeldes provincias de los Países Bajos con casi 1000 jinetes, donde el príncipe Guillermo les dio un refugio en Delft.

Para apoyarlos, la Suiza calvinista y Estrasburgo proporcionaron una corriente constante de teólogos, juristas, libros e ideas.

Otra parte importante de la población del electorado se adhería a la fe católica, apoyada por los jesuitas financiados por Wittelsbach.

En 1585 Münster, Paderborn y Osnabrück sucumbieron a la enérgica ofensiva de Fernando en las regiones orientales del electorado; poco tiempo después cayó Minden.

Leicester tuvo que poner dinero de su propio bolsillo y lo había agotado mientras formaba un ejército.

Aunque Von Pappen murió durante la retirada, los rehenes restantes fueron puestos en libertad después del pago de un alto rescate.

Tanto para Gebhard y Ernesto como para los comandantes españoles en los Países Bajos, tratar de ganar la guerra significaba no sólo movilizar a suficientes hombres para sitiar un conjunto de fortalezas con artillería, sino también dejar parte del ejército como guarnición para defender las ciudades que fueron tomadas.

Los españoles se enfrentaron a otro problema, la distancia, lo que les dio un claro interés en intervenir en el asunto de Colonia.

Aunque Alejandro Farnesio se inclinaba a honrar al comandante de la guarnición haciéndole morir bajo la espada como un soldado, Ernesto exigió su ejecución inmediata.

Con furia, los soldados italianos y españoles mataron al resto de la guarnición, incluso a los hombres que intentaron rendirse.

Alejandro Farnesio escribió al rey Felipe que más de 4000 personas yacían muertas en las zanjas.

La Contrarreforma fue aplicada a fondo en la Baja Renania, con el objetivo de que todo protestante, sea luterano o calvinista, fuera llevado al redil católico.

Por sus esfuerzos, los españoles adquirieron importantes cabezas de puente en el río Rin, asegurando una ruta terrestre hacia las provincias rebeldes del norte, lo que ayudó a prolongar una ya larga guerra de secesión hasta bien entrado el siglo siguiente.