Sus abuelos paternos eran el duque Guillermo IV de Baviera y su esposa, María Jacoba de Baden.
Fernando es también conocido por los dos extraordinarios diarios que guardaba, uno como un muchacho de quince años en un viaje desde Múnich a Florencia, para la boda de su tía, Juana de Habsburgo-Jagellón con Francisco I de Médici, y un segundo viaje a Florencia, esta vez como hombre joven y experimentado de las cosas.
Debido a la baja nobleza de su esposa, que no fue reconocido como una igual, Fernando renunció para él y sus descendientes al trono de Baviera, pero recibieron un castillo, dos señoríos, así como las subvenciones de sucesión contractual en Baviera con una posible extinción de los descendientes de su hermano mayor, Guillermo V de Baviera.
Desde entonces, el título también ha sido utilizado por varios miembros de la casa real de Baviera.
Murió en 1608 y está enterrado en la cripta de la catedral de Nuestra Señora de Múnich, junto a sus padres y hermana María Maximiliana.