En 1708, su hermano mayor Juan, se casó por poderes con la archiduquesa María Ana de Austria.

Al mismo tiempo se discutieron planes para una segunda unión entre Austria y Portugal, propusiendo que Francisco, se casara con la archiduquesa María Magdalena hermana menor de la anterior.

Ambicioso, y alimentado con la idea de usurpar la corona a su hermano como su padre lo había hecho con su tío, Alfonso VI.

Nunca se casó ni tuvo hijos legítimos.

Tuvo dos hijos naturales con Mariana Silveira, una monja, que luego fueron legítimados: