A la muerte del duque de Borja, su nombre fue apoyado por un sector como posible padre general.
Por deseo del papa, la Compañía mantuvo los seminarios y aceptó los colegios Inglés e Ilírico, pero se cerraron otros.
Al padre Tolet se le confió la tarea de obtener la sumisión del cismático Michael Baius a la Santa Sede; tuvo éxito, pero provocó el odio de sus partidarios.
Este prudente gobierno se caracterizó por medidas, quizá no originales, pero sí orientadas a precisar mejor lo que era conforme al fin fundacional de la Compañía y al espíritu del Fundador (M. Fois SJ).
Posteriormente, sus restos fueron trasladados al osario en la cripta de la Iglesia del Gesù.