No hubo hijos en este matrimonio, pero el duque tuvo una amplia descendencia ilegítima con su amante Catalina Dorantes.
El papa Inocencio VIII le concedió en 1487 dispensa del parentesco para su boda.
A Pedro lo dotó con el señorío de Aldehuela y años más tarde fue creado marqués de Aguilafuente por merced del rey Felipe II en 1572.
Su hija Isabel se casó con Gonzalo de Guzmán y Quiñones, señor del Toral.
La reina Isabel I la Católica, aprovechando estas circunstancias, quiso disminuir el patrimonio de un linaje que ella juzgaba con excesiva fortuna, por lo que aconseja a algunos caballeros importantes de Plasencia, que se apartasen de la obediencia y sujeción al nuevo duque de Plasencia y se redujesen a la corona real, y les dio licencia para tomar las armas contra su señor.
La población se levantó contra su señor y asedió el castillo.
[9] El rey Fernando II alentó a los rebeldes en su lucha contra el duque e hizo entregar Plasencia, ayudado por su ejército, a los Reyes Católicos.
Como se puede leer en el juramento que hizo el rey Fernando II al tomar la ciudad de Plasencia, el rey promete guardar, defender, amparar al consejo, etc. vecinos y moradores de Plasencia en sus fueros, privilegios mercedes, libertades y franquezas así como ordenanzas usos y costumbres, como el conde Pedro de Zúñiga y su hijo Álvaro lo hicieron.
[10] Esto demuestra que el cambio de señorío no se debía a injusticias cometidas por sus duques, sino a insinuación de los Reyes Católicos.
Fue una actuación injusta de la reina Isabel I y poco noble del rey Fernando II, teniendo en cuenta los pactos firmados por los Reyes Católicos con su abuelo Álvaro de Zúñiga y Guzmán, I duque de Plasencia, en 1476 y 1480.
Felipe I desarrolla una gran actividad diplomática en Castilla, dirigiendo cartas a los grandes, a las altas dignidades eclesiásticas, principales ciudades y villas con voto en cortes.
En sus cartas ofrecía a los grandes estar dispuesto con buena voluntad para lo que ellos requieran y remunerarlo bien.
[26] El emperador Carlos V y la emperatriz Isabel nombran a Álvaro II de Zúñiga, padrino de bautizo del príncipe Felipe y a la reina viuda Eleonora —hermana del emperador— madrina.