[4] El niño Juan, poco tiempo después de entrar en servicio su ayo y maestro Diego de Jerez, enfermó gravemente, por los que sus padres, los condes de Plasencia, afligidos pidieron ayuda y consuelo a su confesor fray Juan López de Salamanca, quien les encomendó rogar a San Vicente Ferrer, dominico, canonizado en 1455 por el papa Calixto III, e hicieron voto de que si lograban lo que pedían, edificarían una iglesia y convento en su honor.
[5][6] Juan recobró su salud y sus padres contentos mandaron edificar la iglesia y convento de San Vicente Ferrer en Plasencia, cerca de su palacio (conocido ahora como el Palacio del Marqués de Mirabel).
Estuvo entre los pajes del Infante Alfonso, luego fugazmente rey Alfonso XII, (el infante Alfonso fue entregado al conde de Plasencia, Álvaro de Zúñiga y Guzmán, para su educación y custodia, después del pacto con el rey Enrique IV firmado en Valladolid el 25 de octubre de 1464)[8] Juan de Zúñiga y Pimentel y Gonzalo Fernández de Córdova,[9] en el acto del destronamiento simbólico del rey Enrique IV el Impotente realizado en Ávila el 5 de junio de 1465, donde su padre Álvaro, conde de Plasencia, le quitó la espada al muñeco que representaba la persona del rey.
[15] La duquesa de Arévalo, Leonor, viendo el caos en que se encontraba la Orden de Alcántara y deseando alcanzar el maestrazgo de la Orden para su hijo Juan, que contaba los trece años de edad, suplicó al rey de Castilla y León, Enrique IV, le diera licencia y ayuda para conseguirlo.
Los duques tenían también buenas relaciones con el papa Sixto IV, quien siendo general de la Orden de San Francisco visitó los conventos españoles y fue agasajado espléndidamente por los duques de Arévalo y establecieron una amistad muy sincera.
[16] La duquesa Leonor envió un memorial al papa Sixto IV pidiendo el vacante maestrazgo de la Orden de Alcántara para su hijo Juan.
La duquesa Leonor, mujer muy varonil que gobernaba los estados del duque Álvaro, por ser él ya de edad avanzada y estar enfermo, hizo notificar a los caballeros de la Orden de Alcántara de las provisiones y ordenanzas del rey Enrique IV y de la bula del papa Sixto IV.
En la fortaleza de la Orden de Alcántara en Alcántara, Cáceres, hizo construir una séptima torre, la llamada "del Horno" e hizo reconstruir el convento.
Se destaca por su lucha valerosa en el cerco y conquista de Málaga en el 1487, así como por el botín que se recogió de la ciudad y del gran número de cautivos cristianos que se libertaron.
[50] Su hijo Diego no queriendo reconocer las cláusulas testamentarias, comenzó a titularse II duque de Béjar y Plasencia, también Juan comenzó a titularse II duque de Plasencia y señor de Mirabel.
[54][55] En su convento se dedicó al estudio bajo la dirección de su protegido el maestro Antonio de Nebrija, quien le dedicó su "Diccionario latino-español", se interesó por derecho, teología, astrología, música.
Hizo construir en 1496 su palacio en Zalamea de la Serena (Badajoz), adosado en el flanco occidental del castillo existente.
Actualmente sólo se conserva la fachada, con puerta de acceso al castillo, y una cornisa con su escudo labrado en piedra.
[56] Prueba de la fructífera relación que se estableció entre Zúñiga y Nebrija es el ejemplar de las Introductiones Latinae —depositado en la Biblioteca Nacional de Madrid— con el que el mecenas fue obsequiado.
El ejemplar manuscrito es un magnífico códice escrito sobre vitela, caligrafiado con letra de tipo humanístico, iniciales y capitales de colores sobre planchas de oro bruñido, con títulos en rojo, esmeradamente manuscrito e iluminado como libro de texto para el alumno y mecenas.
Antecede al texto una miniatura que ocupa todo el verso de la tercera hoja.
En ella a la izquierda está representado Nebrija, sencillamente vestido, sosteniendo con ambas manos un libro abierto; en un estrado, presidiendo la estancia, Juan de Zúñiga, sentado ante un atril cubierto de ricas telas, apoya las manos sobre un libro abierto.
Al lado de Nebrija un paje, de rodillas, sostiene un volumen cerrado; enfrente varios personajes, los personajes femeninos se cree que son las tres hermanas de Zúñiga que asisten a la lectura.
Un manuscrito original dedicado al papa Julio II conserva la Biblioteca Apostólica Vaticana.