Fue creada en 1784 y subsistió hasta 1824, año en que desapareció el Virreinato del Perú y pasó a constituir el departamento de Arequipa dentro de la República del Perú.
Los subdelegados partidarios tenían las mismas atribuciones que el gobernador intendente dentro de su jurisdicción.
La Junta envió tres divisiones dirigidas a Huamanga, Arequipa y La Paz.
La expedición hacia Arequipa estaba al mando de Mateo Pumacahua y de Vicente Angulo, su intención era dominar esa ciudad y la precordillera hasta Tarapacá para cortar las comunicaciones realistas con los puertos de Quilca, Ilo y Arica.
En 1821 fue proclamada la independencia del Perú, aunque el territorio de la intendencia permanece en manos realistas.
En agosto las tropas comenzaron a movilizarse rumbo al Alto Perú en dos columnas, una al mando de Santa Cruz y otra de Gamarra.
El 8 de agosto Santa Cruz ocupó La Paz y Gamarra entró en Oruro.
La distribución por intendencia era la siguiente: Lima 9 partidos, Trujillo 7, Arequipa 8, Tarma 9, Huancavelica 4, Huamanga 7 y Cuzco 11.
En total 64 doctrinas o parroquias que dependían del Obispado de Arequipa.