La conducción de estos locales se encargó a los jesuitas.

Otras fuentes señalan que el Colegio se fundó por disposición del virrey Luis Jerónimo Fernández de Cabrera y Bobadilla, Conde de Chinchón, hacia 1628, por mandato del rey Felipe IV.

Se trataba de una segunda cédula con el mismo fin que coincide con el cambio de casa del Colegio a una «en mejor sitio y más desahogo».

En este colegio cursaron estudios tanto José Gabriel Condorcanqui - Túpac Amaru II - como su rival y futuro prócer de la independencia peruana durante la rebelión de 1814, Mateo Pumacahua.

Se pagaron por ella 13,500 pesos de a ocho reales.