Con la llegada del rey Carlos III, estas expediciones se multiplicaron.
En 1777 se organizó una expedición botánica al virreinato del Perú, y durante su desarrollo se herborizó en los territorios de los actuales Chile, Perú y Ecuador, bajo el liderazgo de Hipólito Ruiz López.
En 1784, tras una serie de desavenencias con Ruiz, abandonó la expedición Dombey; ese mismo año se unieron el español Juan José Tafalla Navascués, en calidad de agregado botánico, y el dibujante Francisco Pulgar.
Durante un periodo de casi once años recorrieron Perú, Chile y Ecuador donde recolectaron unas 3000 especies vegetales, hicieron unos 2500 dibujos botánicos a tamaño natural y realizaron numerosos envíos de semillas y plantas vivas con destino al Real Jardín Botánico de Madrid.
Desgraciadamente, una parte de la colección, compuesta por 53 cajas con 800 ilustraciones, plantas secas, semillas, resinas y minerales, se perdió cuando el barco que la transportaba naufragó en la costa de Portugal.
Las colecciones llegaron ordenadas a Cádiz en 1788 y fueron depositadas en Madrid en la Oficina Botánica de la Flora del Perú.
También se encontraba en los Archivos del Real Jardín Botánico de Madrid Flora Huayaquilensis una expedición de Juan José Tafalla Navascués, un español que fue uno de los primeros que viajó a Sudamérica y que documentó las diferentes plantas con maravillosas pinturas y descripciones escritas.