La motivación para la realización de la expedición botánica tiene sus orígenes en otra disciplina que se estaba desarrollando en esa época, la economía.

Esta comisión estuvo conformada por los naturalistas Agustín Codazzi, Manuel Ancízar, José Jerónimo Triana, además de artistas que tenían como labor elaborar acuarelas para ilustrar la flora y fauna clasificada.

Asimismo, en estas fechas, empresas científicas similares se establecieron en Chile, Perú y Nueva España.

La Expedición Botánica despertó en los criollos un sentimiento de identidad con lo americano y la Nueva Granada.

El "pacificador" Pablo Morillo resguarda la colección y, embalada en 104 cajones de material, fue enviada a España.

El embalaje de las 104 cajas se realizó en dos meses, dejando poco tiempo para clasificar e indexar la colección.

Además, Mutis realizó ensayos para aclimatar el canelo, el anís y la nuez moscada.

La primera se llamaría Arcanum de Quina, donde describe siete nuevas especies con usos médicos y terapéuticos.

Además, parte del herbario y la clasificación hecha por Mutis se encuentran en Valladolid.