Cuando tenía diez años empezó a estudiar en el Colegio de San Fernando.

Desde muy temprana edad destacó como estudiante de gran inteligencia, cursando con tan solo 19 años Gramática Latina, Filosofía y la Sagrada Teología.

Para ello, Mejía Lequerica envío desde Quito a Bogotá esqueletos de plantas, descripciones botánicas en latín y varias láminas.

También investigaron los Andes, en especial la quina de Malbucho, Lita, Cuenca, Loja y Jaén.

Por su parte Mutis destacaría la pasión y conocimiento de quien se quería convertir en su discípulo y lograría ser "agregado meritorio de la expedición" con la siguiente frase:[3]​“He observado que Mejía ha tomado muy de veras los consejos que usted le dio en su última; desde ese día no piensa, no habla, no respira sino botánica; hace frecuentes salidas a los alrededores, se oculta de mí, pues teme con fundamento que yo posea las yerbas de estas cercanías”No obstante, a pesar de que Caldas al inicio fue el vínculo entre Mutis y Mejía, después empezó a sentirse amenazado por quien podría convertirse en un rival en los trabajos botánicos desarrollados en la Audiencia.

Con su insitencia logró ser profesor en la universidad y contó con alumnos destacados como Carlos de Montúfar, quien perseguiría su interés científico en años posteriores.

Cuando en 1808 las tropas franceses invaden la Península, Mejía Lequerica se une a la lucha contra los invasores, enrolándose en el ejército popular.

Fue un diputado que destacó por su educación, se alió a los liberales, entabló amistad con Agustín de Argüelles en los primeros momentos del constitucionalismo gaditano, aunque cuando proponía su posición americanista a veces no veía respaldo en este grupo por lo que se fue alejando paulatinamente.

[7]​ Una de sus propuestas fue que en el Estado Liberal basado en los tres poderes, Ejecutivo, Legislativo y Judicial, siguiendo a Montesquieu, se les cambiase los tratamientos honoríficos.

Al Ejecutivo se le debería tratar de Alteza, algo que compartiría con el Rey y las Cortes.

Junto con Vicente Morales Duárez y Ramón Power buscaron hacer una propuesta que no solamente haga valer su presencia sino también respetar sus derechos.

El pueblo debe tener absoluta libertad para elegir a quien quiera, porque estoy seguro de que aun cuando eligiere al hombre más raro del mundo, en haciéndolo por su gusto sería verdadero representante, porque en esto está la libertad del pueblo: que aun cuando se eligiese al hombre mejor y benemérito del mundo, si su elección se hiciera por medios ilegales no sería verdadero representante.

Es decir apoyar la abolición de la esclavitud que venían impulsando los ingleses desde los inicios del siglo XIX para cumplir con la reciente ley que se había promulgado ahí, prohibiendo el comercio de esclavos.

de ver qué se ha puesto un articulo expreso aboliendo este comercio, en la alianza firmada con Portugal.

Fue fundado por Bartolomé José Gallardo, quien fuera también su redactor (y había causado mucha polémica con su Diccionario crítico-burlesco).

Mejía Lequerica escribió varios artículos antes de su muerte repentina y además defendió las publicaciones frente a las Cortes.

Destacó especialmente la polémica que suscitó el segundo número de La Abeja al denunciar las dificultades que implicaba enseñar el dogma de la inmortalidad del alma, sin embargo, fiel a la causa, Mejía Lequerica hizo suyas las proposiciones ahí escritas y prometió defenderlas incluso ante un Concilio.

El plan inicial era nombrar a Luis Felipe, Duque de Orleans y heredero del trono francés, sin embargo esta decisión fue rebatida por Mejía Lequerica con tal elocuencia que creó una reacción favorable entre los ingleses.

[11]​ Las Cortes quisieron nombrar para ese puesto a Luis Felipe, Duque de Orelans, heredero del trono francés, pero “esa opinión fue rebatida tajantemente por Mejía”.

Le habla del papel de “un tal Mejía, diputado por Lima”[11]​ Además, en el periódico La Abeja, había publicado unos documentos del Duque de Weillington que habían sido considerados reservados.

Su testamento se conserva en el Archivo Provincial (Casa de las Cadenas), en la calle Cristóbal Colón (Cádiz).

Por otro lado, su lucha por la tolerancia religiosa se vería completada durante la revolución liberal ecuatoriana.

A partir de ahí se crearían nuevos colegios laicos y por propuesta del político e historiador Celiano Monge se usó su nombre para el principal colegio laico de Quito, bautizado en su honor como Instituto Nacional Mejía, en 1897.