Funcionó también como una manera de tomar control sobre estos territorios buscando generar nuevas ciudades.
La razón por la que tomaron esta ruta no se explicaba en los primeros relatos (en aquella época la existencia de La Canela aún se daba por un hecho, por lo que no parecía necesaria ninguna explicación).
El segundo al mando, Francisco de Orellana, fue enviado a Guayaquil para reclutar más tropas y caballos.
Tras seguir los cursos de los ríos Coca y Napo, la expedición empezó a quedarse sin provisiones.
Tras esperar en vano su regreso, Gonzalo acabó admitiendo que la expedición había sido un fracaso.
Su trabajo sería exitoso en su objetivo de integrar a los indígenas al Virreinato del Perú.
Aunque estas prácticas ya estaban desarrolladas por los señoríos étnicos, existieron muchas innovaciones como el uso del arado con bueyes, y la construcción de arcos sobre las quebradas de la ciudad para sobre eso construir nuevas edificaciones.
Además empezaría la producción de cerveza en el convento siguiendo las prácticas que había aprendido en Bélgica.
Aprendería quichua y empezaría el catecismo en el idioma nativo, para lo cual escribiría un libro.
[6] Misión de Putumayo: Después del siglo XVI y a inicios del siglo XVII los Padres Francisco Delgado, Manuel Arias (quien murió en la misión) e Ignacio Soto, empezaron su labor de evangelización en Putumayo.
Posteriormente estas misiones se retomarían en el siglo XIX a través de la orden de los capuchinos en la famosa "Mision Capuchina en el Caquetá y el Putumayo que se desarrolló en los años 1893 hasta 1929.
Para evitar eso, el Padre Ferrer emprendió viaje a la zona con el fin de levantar la casi destruida reducción y continuar con las misiones.
Su vida de servicio de casi diez años se vio interrumpida cuando al intentar cruzar un puente que formaba parte del camino hacia la reducción, este fue retirado por los indígenas Cofanes, cayendo Ferrer al río.
Es decir desde la línea ecuatorial al norte hasta el grado 8 de latitud meridional.
Empezaron con las misiones evangelizadoras saliendo de Quito en 1641 el padre Gaspar Cugía con cuatro indígenas catecúmenos que habían sido anteriormente bautizados en Cuenca.
Llegó a Borja con los padres Bartolomé Pérez y Francisco Figueroa en julio de 1642.
[7][8] Cuando se empezó a dificultar el envío de religiosos al Marañon y había personas que presionaban para llevarlos a Europa, se tuvo que tomar decisiones al respecto.
Richter por ejemplo luchó contra los hábitos de los Cunivos que tendían a la embriaguez, amenazándoles con irse si no cambiaban, y logrando de esa manera que mejoren las costumbres.
Además, a todas estas reducciones visitó el padre Zárate con el fin de construir un informe que presentaría al Rey Felipe V.
Visitó muchos lugares y organizó un gran reporte que decía "El número de almas que viven en los pueblos de la misión, serán cosa de diez mil personas y los padres que las cuidan son dieciocho, y con el sacerdote seglar, Don José Bahamonde, son diecinueve los misioneros".
En su apogeo, a finales del siglo XVII e inicios del siglo XVIII las reducciones de las misiones jesuitas en Maynas llegaron a superar las mil personas y en caso de San Miguel y Anejos las dos mil.
Las causas de los fallecimientos fueron enfermedades tropicales, conflictos con los indígenas o accidentes naturales, que frecuentemente significaba morir ahogado en algún río.
Diez años antes Fernando VI había solicitado enviar a Quito 90 jesuitas para repartirse en cada misión así como otros territorios de la Real Audiencia.
Fue así que desde Cádiz saldrían 14 jesuitas en 1754 primeramente, y después seguirían en partidas de ocho en promedio.
Además de ello las haciendas que lograron comprar los jesuitas fueron importantes en la Audiencia y las administraron con mucha prudencia.
Se sabe que el padre Martínez Rubio empezó la primera farmacia conocida en ese entonces como "botica" en 1684.
Se usaba el "Florilegio Medicinal" del jesuita alemán Juan Steyneffer que había sido misionero en el Virreinato de Nueva España por 35 años.
Éste enfermó, y fue preciso que por mis instancias enviase otro el Vicario de Moyobamba.
Ya estamos con el favor de Dios en Piura, y con barco que saldrá en breve (según dicen) para Panamá.
Una vez expulsados los jesuitas, surgió el problema de mantener el control sobre el territorio amazónico ante los bandeirantes portugueses.