Después del terremoto de 1747 que afectó gravemente a esa ciudad, se dirigió a Quito para estudiar filosofía en el Colegio Máximo y finalmente teología en la Universidad de San Gregorio donde obtuvo su doctorado, para luego ser ordenado sacerdote en 1753.
Mientras cumplía con sus deberes religiosos dedicó grandes esfuerzos a la investigación y recolección de información, datos, personajes, idiomas, leyendas, costumbres y tradiciones sobre el Reino de Quito.
Tuvieron que salir obligatoriamente, algunos ya teniendo una edad avanzada hacia Italia, donde pasarían en el destierro el resto de sus vidas.
La historia moderna resultó más robusta ante la crítica, sin embargo eso no quita a Velasco el mérito de ser un autor principal dentro del siglo XVIII.
Los tres fueron los visionarios que estudiaron y comprendieron las raíces profundas de nuestra identidad.
Primero, sus compañeros interon publicarla en italiano pero Velasco prefería en castellano con el fin de que esté sujeta a la aprobación del Rey y sus sensores.
Por esta razón Antonio Porlier recibió los dos primeros tomos de la obra y pidió a Casimiro Ortega y Antonio de Alcedo (autor del Diccionario Geográfico Histórico) que examinen la historia.
Esto fue resumido en 1921 por Leonidas Batallas en su libro "Vida y escritos del R. P. Juan de Velasco, S. J.".
Ahí se examinan los distintos juicios emitidos sobre la obra por varios autores a lo largo de casi un siglo, dentro de los que se encuentran: Antonio Porlier, Abel Victor Brandin, Federico González Suárez, Vicente Solano, Juan León Mera, Jacinto Jijón y Caamaño, Teodoro Wolf, Agustín Yerovi, Pablo Herrera González, Pedro Fermín Cevallos, Francisco Váscones, Homero Viteri Afronte, Isaac J. Barrera, José Félix Heredia, Pío Jaramillo Alvarado, Antonio de Alcedo, José Coroleu, Joaquín Acosta, Pedro Moncayo, Marcelino Menéndez y Pelayo, Remigio Crespo Toral, Gonzalo Zaldumbide, Alfonso Cordero Palacios, Luis Gallo Almeida.
Por esta razón se puede percibir la nostalgia y añoranza por Quito, la defensa de la inocencia de la compañía, la santificación a través del martirio que fue obligarles a irse de un país donde muchos habían nacido y que por decisiones personales habían decidido ordenarse en la compañía y ahora debían terminar sus días en Italia.
", le dedicó otro frente a la trágica noticia de que ya estaba completamente sordo "Habiendo ensordecido del todo Dn.
Esto fue recogido posteriormente por varios críticos literarios en los años siguientes que han desarrollado muchas teorías que explican el hecho, desde la distancia geográfica, al estar Aguirre en Tivoli, hasta posibles discrepancias personales.