Esta opinión fue la que prevaleció entre importantes críticos literarios decimonónicos como Juan León Mera y Pablo Herrera González.Se caracterizó por su gran memoria y curiosidad que lo guiaba siempre a aprender los últimos descubrimientos científicos.Aguirre presenciaría el primero de ellos, y como era costumbre, los oradores prestigiosos eran solicitados durante las ceremonias respectivas ante el lamento por esta catástrofe natural que causaría muchos fallecidos.[2] Mucho se ha destacado su valor como literato o como científico y renovador de la escolástica quiteña, sin embargo, esto nunca fue un impedimento para que lleve una vida espiritual que le permitía llevar a cabo sus responsabilidades pastorales.Primero a su parecer se debía hacer un examen reflexivo sobre el comportamiento ya sea por negligencia ante obligaciones o extorsiones e injusticias que puedan haber sucedido entre los vecinos de la ciudad.El segundo desorden era a su parecer la irreverencia de los católicos en los templos, algo que se debía remediar para mostrar la actitud correcta ante los lugares sagrados.El tercero, que usualmente recibía castigo era por común aunque poco perseguido por la justicia terrenal el de los concubinatos e inmoralidad.Fue amigo del obispo de Tívoli, monseñor Gregorio Bamaba Chiaramonti, futuro Pío VII.Como escritor Juan Bautista Aguirre cultivó la oratoria religiosa, y como filósofo redactó gran número de versos que responden a una amplia temática que va desde los poemas religiosos y morales a los de tipo amoroso, hasta temáticas mitológicas.Juan León Mera tomó en cuenta la obra de Aguirre en su libro Ojeada histórico crítica, pero al no contar con todos los poemas publicados su juicio más bien fue negativo.No fue hasta 1918 cuando el crítico literario Gonzalo Zaldumbide le devolvió su merecido sitial por medio de un artículo titulado "Un Gran poeta guayaquileño del S.XVIII, el Padre Juan Bautista Aguirre".[10] Su obra sigue siendo importante en la actualidad y el escritor Miguel Donoso Pareja decidió empezar su libro Ecuador: Identidad o Esquizofrenia refiriéndose al poema "Breve Diseño de las Ciudades de Guayaquil y Quito" para realizar su respuesta a "Ecuador Señas Particulares", escrito por Jorge Enrique Adoum, donde critica el regionalismo implícito en su obra.si feliz muerte conseguir esperas, es justo que advertido, pues naciste una vez, dos veces mueras; así las plantas, brutos y aves lo hacen:Antes que como poeta, Aguirre fue conocido por sus trabajos filosóficos y teológicos, puesto que por eso destacó durante su vida, tanto en su estancia en Ecuador, donde fue profesor de Eugenio Espejo, como en Italia donde era constantemente consultado por su autoridad en la física y metafísica.No existe aún una publicación sobre la lógica y la metafísica, sin embargo esta carencia puede ser suplida con las "Theses Universae Philosophiae" que fueron escritas en 1759 por su discípulo José María Linati y que posteriormente fueron publicadas por la imprenta de los jesuitas.En el segundo libro en cambio se dedica a sutilizar sobre las causas extrínsecas que afectan la materia y la sustancia.Como parte del tercer libro desarrolla ahora el mundo, el cielo y los elementos que lo compone.Es importante notar que el aspecto científico de su obra no mermaba su estilo literario por lo que podemos ver desde el inicio de su libro, en el Proemio, Aguirre nos comparte su conocimiento con buen gusto, invitándonos a apreciar las maravillas de las investigaciones biológicas a venir:[12] Por otro lado, debido a sus estudios médicos, pudo desarrollar disputaciones sobre microbiología en donde la filosofía aristotélica y las observaciones empíricas encuentran armonía mientras Aguirre describe con mucho estilo: la naturaleza y sus principios, la materia, su esencia, propiedades, de la forma, la unión y del compuesto sustancial.Sus obras teológicas se concentran en dos temas, el culto al Sagrado Corazón de Jesús y el Deismo.En el primer caso escribió tres diatribas que se enfocaron en la refutación a los escritos de Camillus Blasius sobre el Culto al Sagrado Corazón.A esto se sumaría el estudio por Gonzalo Zaldumbide que sería publicado en 1960 bajo el título de "Literatura patria, hitos".Además, fue una persona destacada en general, como religioso, como catedrático, como jesuita, tuvo siempre prestigio tanto en la Audiencia de Quito como en el exilio en Italia.[17] Sus escritos a juicio de Espejo se caracterizan por una "imaginación fogosa", complementado con un "ingenio pronto y sutil".Si hay algo patente en sus escritos es que logró unir el rigor científico, el estilo literario y la esperanza religiosa.
Iglesia de la Santa Sinforosa, de los jesuitas en Tivoli. Sería destruida durante la Segunda Guerra Mundial y sus restos serían demolidos para construir una nueva.
Plaza Juan Bautista Aguirre en Cuenca, circa 1878
Microscopio de Robert Hooke que utilizó Aguirre para su Tratado de Física