Describió su llegada a Colombia en Primera Travesía de Colombia, 1725, por un misionero suizo y se estableció en el colegio jesuita de Quito más o menos en 1725; allí continuó sus estudios y se ordenó en 1729.

Ratificó sus votos en 1735 y se internó en la peligrosa selva del Darién, en donde estuvo con la tribu de los guaymíes.

En 1739, como el padre Andrés de Zárate terminó su misión en la Amazonia y regresaba a España, decidieron que Magnin lo sustituyera y en ese mismo año llegó a Mainas.

Magnin, como sus compañeros misioneros, se frustraba porque no lograba concentrar a los indios en poblaciones, ya que su cultura era nómada y siempre se hallaba buscando tierra agrícola para la yuca que no se sometiera a inundaciones.

[1]​ Tanto tiempo en la jungla provocó que enfermase de fiebres cuartanas, probablemente paludismo, malaria.