Cuando Fritz llegó a su territorio en 1686, los omaguas habitaban las islas situadas en medio del río Amazonas, en una región que se extendía aproximadamente desde la confluencia de los ríos Amazonas y Napo hasta el río Juruá.

Las rebautizó con los nombres de los santos patronos, construyó varias capillas rudimentarias y bautizó sobre todo a niños, ya que la mayoría de los adultos no estaban suficientemente adoctrinados y se mostraban "reacios a abandonar por completo ciertos abusos paganos".

Yo mismo, cuando estuve en esa ciudad [Belém], vi muchos esclavos de esas tribus.No obstante, los portugueses exigieron que Fritz trasladase su misión río arriba, advirtiéndole que si era capturado por los portugueses en aquella región, sería enviado a prisión en Portugal.

Los carmelitas portugueses volvieron a reunirse varias veces con Fritz, negociando los derechos de control sin restricciones sobre las diversas tribus[8] Muchos de los que seguían a Payoreva fueron finalmente esclavizados por los portugueses, como el propio Payoreva en 1704.

La influencia de los misioneros carmelitas se hizo más fuerte tras la visita del portugués Fray Victoriano Pimentel en 1702.

Pimentel descubrió rápidamente que los amazónicos estaban interesados en las herramientas de metal y otros bienes comerciales y que se les podía persuadir para que abandonaran a los jesuitas ofreciéndoles "hachas, hoces, cuchillos, anzuelos, alfileres, agujas, cintas, espejos, relicarios, anillos y trozos de alambre para sus pendientes".

Finalmente, en julio, las autoridades españolas enviaron una fuerza militar para expulsar a los portugueses, quemando varias misiones carmelitas en el proceso.

Éste fue encarcelado en Portugal durante un corto periodo de tiempo y finalmente enviado en misión a Japón.

Viajó a Lima, en el Virreinato del Perú para presentar un valioso informe al Virrey Conde de la Monclova Melchor Portocarrero Lasso de la Vega, a este informe adicionó el mapa que había confeccionado en el viaje por el río Amazonas.

De retorno a sus misiones en 1693, siguiendo el curso del río Marañón comprobó que el río Amazonas nacía en la laguna Lauricocha; aunque sin adecuado equipamiento científico para esta tarea, y en medio de las dificultades que le imponía su labor como misionero, Fritz logró elaborar un mapa detallado y fidedigno basado en sus observaciones de primera mano, dicho trabajo continuó siendo por varias décadas una de las fuentes más idóneas para el conocimiento geográfico del río Amazonas y sus afluentes como el Marañón.

En total, Fritz elaboró al menos seis mapas, posiblemente más, de los que sólo se conservan cuatro.

En 1689, durante su viaje a Pará, elaboró un proyecto de mapa del río, que presentó al gobernador.

Pero el barco fue interceptado por los ingleses, que publicaron el mapa por primera vez en 1712, con modificaciones y en escala reducida.

Una versión francesa ligeramente modificada se publicó en 1717 en París bajo el título Cours du fleuve Maragnon autrement dit des Amazones par le P. Samuel Fritz missionaire de la Compagnie de Jésus.

Una segunda versión francesa se publicó en 1781 en Lettres Edifiantes et Curieuses, Écrites des Missions Étrangères, (París, 1781).