Cuando se empezó a dificultar el envío de religiosos al Marañon y había personas que presionaban para llevarlos a Europa, se tuvo que tomar decisiones al respecto.

Era común sin embargo que tanto españoles como americanos enfermen en el Oriente.

Richter por ejemplo luchó contra los hábitos de los Cunivos que tendían a la embriaguez, amenazándoles con irse si no cambiaban, y logrando de esa manera que mejoren las costumbres.

Fritz por otro lado fungió como Cura-Doctrinero de los Omaguas, una tribu numerosa que en 1686 decidieron llevarle a las islas del Amazonas en 1686 que se encuentra entre Napo y Putumayo.

Además, a todas estas reducciones visitó el padre Zárate con el fin de construir un informe que presentaría al Rey Felipe V.

Visitó muchos lugares y organizó un gran reporte que decía "El número de almas que viven en los pueblos de la misión, serán cosa de diez mil personas y los padres que las cuidan son dieciocho, y con el sacerdote seglar, Don José Bahamonde, son diecinueve los misioneros".

Esta visita era de control pues no faltaban las controversias y rumores de que los padres se dedican al comercio y contrabando con los indígenas en las reducciones.

En su apogeo, a finales del siglo XVII e inicios del siglo XVIII las reducciones de las misiones jesuitas en Maynas llegaron a superar las mil personas y en caso de San Miguel y Anejos las dos mil.

Para Borja se eligió un justicia mayor, Francisco Matías de Rioja.

En 1745 una Real Provisión dispuso: "que se agregue la jurisdicción del río Napo al Gobierno de Quijos" esto es, reincorporar a Quijos el territorio del bajo Napo que le pertenecía por cédula de erección.

No tuvo límites fijos y determinados; pues, se iba dilatando en extensión a medida que los misioneros jesuitas de Quito avanzaban en sus excursiones apostólicas; así es que llegó hasta el río Ucayali, por una parte, y hasta el río Negro por otra.