Gobernada desde tiempos remotos por un cacique principal y regida por las leyes del derecho indiano, la isla bajo el dominio de la corona española estuvo presidida, dirigida o administrada en los ámbitos político, mercantil y fiscal por un Cacique o Señor Principal que en sus inicios estaba supeditado directamente a la autoridad del Gobernador de la Nueva Castilla, pero que con el traslado de la Ciudad de Guayaquil en 1547 por el capitán Diego de Urbina a su emplazamiento actual, su autoridad quedaba vinculada al Corregidor y Justicia Mayor de aquella ciudad y sometida de esta manera en el área tributaria, judicial: civil y criminal con sede organizativa en su cabildo.

Durante el periodo del cacicazgo desde la época de Don Diego Tomalá según consta la probanza que hizo ante el Rey, le fueron concedidos preferencialmente y sin excepción a dicha familia todas las rentas de las encomiendas y contratos de los negocios de los bastimentos de primera necesidad, mercaderías indianas y castellanas, sal, cárnicos salados y secos, granos, madera y construcción naval oficial e informal adentro y alrededor de sus costas, incluso con la construcción de un pequeño astillero compartido en ganancias para la Corona representada por el cabildo y la familia directamente, en mitades.

Aquellos acuerdos propicios darían mayor autonomía de estos poblados por estar separados a la isla por la vía marítima y solo estar articulados por ésta en aquel camino.

En la tercera década del siglo XVIII se produjeron cambios jurisdiccionales dispuestos por el primer Borbón Felipe V, en estos pueblos de indios, ya que para ese momento era de por sí cada pueblo una tenencia autónoma que no dependían del Teniente de Puná sino que tenían el propio suyo nombrado por el cabildo de Guayaquil.

Con este hecho se separa el ámbito político administrativo con el de rentista y autoritario que había tenido hereditariamente la familia de los caciques apellidados originariamente Tumbalá y catellanizados Tomalá por los escribanos del rey Carlos I de España, pasando la isla a tener una administración más centralizada y menos arbitrista.