Posteriormente estos territorios fueron incorporados al Virreinato de la Nueva Granada tras su creación en 1717, anulación en 1723 y restauración en 1739.

Por esta razón hubo una competencia entre Almagro y Alvarado por el establecimiento y fundación de las ciudades para tener prevalencia jurídica sobre las recompensas que posteriormente reclamarían a la corona.

La segunda conquista, ahora pacificación, de Caráquez fue tras haber ocurrido el primer contacto en 1526 se dio mediante efectos en una etapa cúspide causada por el forzado prestigio militar de la Monarquía Católica a nivel continental como un éxito a largo plazo, pero que con la avaricia y la falta de humildad y paciencia por parte de la creciente sociedad española radicada en América les hizo interpretar aquello, tras no haber podido encontrar lo ansiado y pensado obsesivamente con las esperadas riquezas, hasta condenar la expedición al fracaso total, cuyo tiempo de ocaso fue tras no mantener intangibles y ordenadas a las poblaciones vecinas de los pocos pueblos habitados con estructura orgánica y asimismo dejando en estos con el sometimiento a los indígenas una intranquilidad profunda señalada como condena al destierro y suplicio de la vida nómada en las selvas lejanas de la costa, donde asimismo desarrollaron otro tipo de vida ligado a la agricultura y a la anarquía desde lo lejos del pragmático dominio de la Corona Española y las instituciones que la representaban.

Su autoridad la ejerció el gobernador de Caráquez que a su vez se le asignaba la administración y dirigencia política de las otras poblaciones importantes como Chone, Jama, Canoa y Tosagua.

Una vez creada la alcaldía, sin embargo, se debía continuar con la conexión de la ciudad al camino real, y por tanto a las ciudades de Quito, Riobamba, Cuenca y Guayaquil.

Una vez creada la ciudad y trazado el camino se debió continuar con la elección de autoridades.

Esta situación sin embargo no continuó de manera estable puesto que con las reformas en la organización territorial que tanto Caráquez como Puerto viejo sufrirían en la segunda mitad del siglo XVII, empezaría la migración a otras ciudades.

Por esta razón, en el siguiente siglo se crearía el Partido de la Canoa y sería anexada al gobierno de las Esmeraldas, tras su fundación por Pedro Vicente Maldonado.

Los historiadores no pueden aún concordar en la idea del porqué la evolución o cambio del nombre Carán, Caras o Caráquez con el que fue siempre reconocido su territorio, tanto en la costa, como selva adentro.

En la actualidad lo que comprendía el antiguo Partido de La Canoa se conoce como Zona Norte de Manabí al parecer fue una simple subdivisión geográfica intraprovincial y no política o administrativa.

Como dato relevante a nivel agrícola, para 1774 ya existían más de 10.000 árboles sembrados de cacao en las inmediaciones del Río Chone y su fértil valle según un inventario elaborado por el ingeniero militar español Francisco Requena y Herrera.

Hay también referencias que en la etapa invernal se extraían pequeñas cantidades de café, Maíz, Maní Tostado o Tuestado, Piña y Sandía de estos mismos lugares para exportar quizás a ciudades tan lejanas como Lima por vía marítima.

También hubo embarcaciones indianas que almacenaron significativas cantidades de hierbas medicinales silvestres disecadas y cultivadas endémicamente en el ámbito climático del trópico ecuatorial, conseguidas en Bahía de Caráquez a un bajísimo precio para su importación y carga hacia otros puertos de climas fríos donde no crecían estas hierbas.

Naturalmente la pesca artesanal era otra actividad comercial alternada para el autoconsumo de los habitantes de la zona costera, y para que no se corrompiera le frotaban sal y así se mantenía conservada un buen tiempo.

En otro aspecto fundamental muchos historiadores consideran la manera tajante y reveladora por las cuales los españoles nunca quisieron fundar ciudades ni villas dentro del territorio de Caráquez, principalmente en la parte selvática oriental y solamente lo hicieron mediante avistamientos de nuevas costas y puertos, sobresaliendo entonces durante la conquista solamente las poblaciones costeras y no adyacentes a sus selvas orientales como lo pudo haber sucedido con Chone y Tosagua respectivamente, que son pueblos que en la posteridad a la conquista fueron habitados pero nunca fundados bajo ninguna orden jurídica específica, debido a que cuando se los organizó eclesiásticamente estos ya tenían trazada su estructura urbana, social y económica solo que durante el periodo colonial no fueron tomados en cuenta.

Otra de las eventuales razones y erradas suposiciones que propiciaron la pronta decadencia territorial del Gobierno de Caráquez en sus primeros años de vida institucional fue la decepción que recibieron los españoles al no haber podido encontrarlas tan mencionadas y supuestas minas de esmeraldas, oro y plata que tanto fueron comentadas como existentes desde tiempos de la conquista del Perú; definiéndose en ello un autoengaño basado en las ficciones, mitologías y leyendas nativas, ya que nunca se encontraron las mencionadas minas donde se pensaba había ricos yacimientos metalúrgicos de todo tipo y variedad, ni siquiera en Caráquez o en el mencionado País de las Esmeraldas, desde la cual solamente proviene el recuerdo efusivo e hipotético transformado en toponimia común, debido a que la obsesiva ambición española dio nombre a aquellos territorios de modo indirecto.

La posición histórica del Gobierno de Caráquez se asume concluyendo que Manabí como entidad jurídica, milenaria y cultural nunca existió dadas las muchísimas diferencias citadas en este capítulo, por ello estas tesis refuerzan todas las teorías que desde diferentes ángulos de la ciencia y la historia se refieren a la autonomía que por derecho y justicia le compete a la zona norte de Manabí que por lo menos desde el comienzo de la etapa republicana ecuatoriana se ha visto relegada e ignorada de su importancia geográfica y su riquísimo y fértil territorio.

Por su parte uno de los argumentos más relevantes que han afirmado los pocos historiadores del tema, argumentando que sin duda alguna la zona de Caráquez siempre estuvo jurídicamente competente hacia la Nueva Granada y mientras que el partido de Puerto Viejo por su vinculación con Guayaquil nunca pudo dejar ser peruano del todo.

Por otra parte se puntualiza el origen o concepto etimológico de la palabra Caras, la cual deriva en Carán como relativo que fue su ciudad-sede y su vez está se castellaniza como Caráquez, que son conjugaciones sustantivales provenientes de la lengua indígena nativa que dominó la zona norte de Manabí como se cree pronunciaban los nativos y muchos españoles le adjudicaron una nueva orotografía, en cambio otros argumentan que fueron los primeros cronistas que le denominaron Caráquez porque existía una confusión gramatical con la palabra Caracas , capital de la Capitanía General de Venezuela, es decir en otro contexto geográfico, incluso existen documentos que la denominan a secas sinceradamente como Bahía de Caracas pero se deduce que es Bahía de Caráquez porque en esos mismos documentos hablan de su cercanía con Coaque y Puerto Viejo que eran poblaciones cercanas y adyacentes a su costa, lo cierto es que esta es la evidencia más verídica y gratificante a la cual el propio Juan de Velasco cita y relaciona la etimología de la palabra Caráquez porque para él mucho antes de que se creara el Gobierno de Caráquez y que se produjera la conquista española asimismo ya existía un Reino nómada indígena no definido administrativamente, pero sí reglamentado y organizado por medio de castas sociales, religión politeísta y sistema de gobierno como el monárquico que en este caso lo ejercía el jefe mayor de las tribus o en otros casos la herencia se daba por casta y linaje.