Antonio de Morga además comandó una flota española en una batalla naval contra piratas holandeses en las Filipinas, en 1600.

Antonio logró cumplirlo satisfactoriamente lo que le permitió acceder a una prebenda en noviembre de ese año y un mes más tarde, tras pasó con éxito el examen realizado por diecisiete miembros de la Facultad, y en presencia del Canciller sobres sus estudios universitarios.

Tuvo un breve periodo en el que pudo ejercer la docencia en Osuna, y después regresó de nuevo a Salamanca, donde se estudió y se graduó de licenciado en Derecho Civil.

Asumió el cargo inmediatamente, y presentó sus credenciales al gobernador interino, Luis Pérez Dasmariña.

En sus dos primeros informes al Rey, en 1595 y 1596, Morga expresaba su esperanza de que la presencia española en las Islas propiciara la difusión del Evangelio en el archipiélago.

Muchas veces descuidaban sus deberes en favor del comercio y buscaban hacer uso de los recursos públicos estafando al tesoro real.

Otros, tras haber apostado o malgastado la escasa paga que recibían, se veían obligados a vestir harapos, andar descalzos y mendigar, después de haber vendido sus armas a los nativos.

[1]​ La situación a su juicio mejoraría si se reestablecía la Real Audiencia de Manila que fue suprimida en 1590.

Ambos trabajaron juntos sin embargo en cuestiones de política diferían, como por ejemplo sobre la planificada invasión de Camboya y Siam, a la que Morga se opuso por prudencia mientras que Tello favorecía la idea.

Llama la atención, sin embargo, que solamente menciona la porcelana en una ocasión, aun cuando en este tiempo era el artículo de exportación más numeroso, que junto con la seda, se exportaba a Europa.

Aunque Morga había tenido cierta experiencia militar como comandante de una flota española previamente y como teniente general en Filipinas por algunos años, nunca había estado en primera línea de combate.

La pérdida de soldados españoles en la batalla fue un gran desastre demográfico para la pequeña comunidad.

Morga, avergonzado se conoce que cayó enfermo, y según cuenta él mismo, estuvo a las puertas de la muerte durante un tiempo.

Intentó justificarse, reuniendo pruebas en su defensa, pero el asunto se debatió incluso después de que hubiera abandonado las islas.

Existe incluso documentación que para el año de 1604 se seguía exigiendo su castigo.

En 1606 falleció su esposa, y no fue hasta tres años después que contrajo segundo matrimonio con Catalina de Alcega.

El 24 ayudó a la defensa de Guayaquil contra los piratas holandeses comandados por Jacobo L'Heremite, pero no fue del todo apropiada, luego de la primera incursión holandesa en la que fueron derrotados, los habitantes guayaquileños se quejaban amargamente por la falta de pólvora y del poco número de elementos que habían venido desde Quito y que la mala defensa se debía también a que los refuerzos llegaron tarde desde aquella ciudad.

Entre sus defectos se encontraban que era jugador y mujeriego, y como le gustaba hablar de sus conquistas, en algunas ocasiones se provocaban escándalos que su esposa disimulaba porque era complaciente y liberal en extremo, a la par de jugadora de cartas, lo cual era tomado como algo verdaderamente escandaloso.

Desembarcan a las 7 de la mañana y pasan sin problema las trincheras que se hallaban al sur de la ciudad cuyo límite principal era el estero Villamar -calle Loja-; por allí estaban los astilleros y en la incursión prendieron fuego al San Diego que se estaba construyendo, después prendieron fuego a las casas siguientes también a las Iglesias de Santo Domingo, San Francisco -ubicada en Rocafuerte entre Loja y Manuel J Calle- y el pequeño Hospital.

Los defensores tuvieron que agruparse en la Iglesia Mayor en donde contraatacaron exitosamente al enemigo provocando su retirada.

Aunque se pretenda hacer creer que los guayaquileños son los causantes de que las demás ciudades costeras del actual Ecuador no pudieran desarrollarse como puertos es preciso anotar que ese impedimento no venía de la paupérrima Guayaquil sino directo del propio Rey Español cuya estrategia para defender esta parte del imperio consistía en evitar que se poblasen las costas para privar al enemigo de objetivos atractivos sumado a la pequeña flota de la Mar del Sur que no habría podido detener en este caso a la flota holandesa.

Esto sin embargo le ganaría poca simpatía entre los habitantes de Guayaquil.

Los principales autores de los que se conoce son clásicos como Julio César, Virgilio y Plutarco o autores modernos para aquella época como Domingo Soto, Juan López de Palacios Rubio.

Por su afición al arte las personas cercanas buscaban ganar su favor con obras importantes.

Sin embargo, no podía justificar los gastos y se vio obligado a vender la mayoría de cuadros.

[7]​ Morga por haber enfadado y afectado los intereses de los encomenderos que querían crear obrajes privados, así como también por los enemigos que se granjeó en Guayaquil al construir el camino a Bahía de Caráquez empezó a sufrir varios ataques y quejas.

Además se revelaba que al marido afectado Morga había realizado favores para mantenerlo callado.

Ambos escritos son importantes para la historia de Filipinas y su conexión con el actual Ecuador.

Ante esto se originó el surgimiento del contrabando para poder adquirir a través de comercio ilícito los ansiados productos asiáticos, entre los que se demandaba especialmente la seda en los textiles.

Tal importancia tienen los Sucesos, que en el siglo XIX José Rizal héroe de la independencia filipina, fue uno de los lectores que quedó impresionado por el trabajo, decidiendo anotarlo y publicar una nueva edición.