Su padre había sido oidor de la Real Audiencia de Santafé de Bogotá y era recordado como juez severo en dicha ciudad, porque: "ahorcaba con frecuencia indígenas en la plaza mayor, y azotaba todas las semanas, en la de Mercado, que tenía lugar cada cuatro días, a los ladrones" y porque "desorejó y desnarigó dos mil personas e hizo otras justicias grandísimas, sin reparar en nadie ni aunque interviniese la intervención de cualquiera persona por principal que fuese".Su madre murió en Bogotá y su padre empobreció de tal manera que "no hubo con qué llevar sustento en el viaje para él y sus hijos".

Excluyendo a Hernandarias, casi todos los gobernadores y funcionarios estuvieron comprometidos en mayor o menor grado con el contrabando.

En la época los principales contrabandistas (se los denominaba Confederados) eran el sevillano Juan de Vergara, notario del Santo Oficio, y el portugués Diego de Vega, que con Góngora se convirtieron en los verdaderos dueños de la ciudad.

Más allá del evidente comportamiento delictivo, el contrabando en Buenos Aires tenía motivaciones económicas profundas, originadas en las restricciones al comercio por parte de la Monarquía que favorecían los intereses de la península y en segundo lugar de Lima, en perjuicio del Alto Perú y Buenos Aires.

Personalmente se caracterizaba por ser moderado y respetuoso, lo que le permitió mantener la armonía con el Obispo.

[8]​ Fue siempre muy cercano a los jesuitas, se conoce incluso que se intercambiaban regalos por cortesía por lo que algunos jesuitas todas las noches le enviaban seis huevos frescos para la cena de su señoría, y todas las semanas un jamón.

Además se estaban dictando los cursos de filosofía en la Universidad San Gregorio Magno.

Durante esta época Mariana desarrolló su obra de catecismo con los pobres guiada por Hernando de la Cruz, profundizó en su misticismo y también interpretó su famosa Vihuela española.