Formó parte del Virreinato del Perú hasta el año 1776, fecha en la cual pasó a integrar el recién creado Virreinato del Río de la Plata, conservando el nombre común bonaerense como el oficial, que incluía a los futuros establecimientos patagónicos orientales, y en 1783, se convertiría en la Intendencia de Buenos Aires.

La población que se refugió en las naves partieron hacia el Puerto San Salvador de la Banda Oriental.

El 2 de febrero de 1536 Mendoza fundó "Nuestra Señora del Buen Aire", antecedente de Buenos Aires y se retiró a España dejando como teniente gobernador en esa ciudad a Francisco Ruiz Galán y muriendo en el viaje.

Dicha población fue destruida por los aborígenes locales en 1541 y sus pobladores sobrevivientes huyeron hacia Asunción.

En 1552 el rey confirmó a Domingo Martínez de Irala como gobernador, manteniéndose hasta 1556.

En 1569 el rey capituló en Juan Ortiz de Zárate, nombrándolo III Adelantado del Río de la Plata en sus funciones (y quinto sin ejercerlas), quien a fines de 1574 fundó la Ciudad Zaratina del San Salvador en el lugar en donde Sebastián Gaboto había fundado un fuerte, pero duró hasta 1577, debido al ataque charrúa.

Este fue sucedido en 1598 por Diego Valdés de la Banda, quien murió poco después reasumiendo Hernandarias en 1600, siendo confirmado como gobernador por el rey Felipe II en 1601, poniendo fin al nombramiento de Adelantados.

En 1755 el pueblo de Luján fue erigido en villa y establecido su cabildo.

Ocuparon el cargo de gobernador y capitán general los siguientes: