La gobernación de Nueva Andalucía, hacia 1544 (conocida así originalmente), fue una provincia o división territorial del Imperio español en la zona de la cuenca del Río de la Plata en América del Sur y cuya capital era Asunción.

En 1617 se produjo una división de la jurisdicción administrativa, creándose al norte la gobernación del Guayrá —conocida luego como gobernación del Paraguay— con capital en Asunción, y al sur, la gobernación del Río de la Plata con capital en Buenos Aires.

Solís, que viajaba hacia el Pacífico, murió el 20 de enero de 1516 en un enfrentamiento con indígenas y la expedición retornó a España.

Luego remontó el río Uruguay hasta llegar a la desembocadura del entonces bautizado río San Salvador y haciendo unos 20 km aguas arriba, antes del recodo hacia el sur, y fundó en su margen septentrional el Puerto de San Salvador –cerca de la actual Dolores que se encuentra en el margen meridional– dejando una pequeña guarnición en dicho fuerte que fue destruido en 1530 por los yaros y charrúas.

Al continuar con la expedición, descendieron por el río hasta llegar de nuevo al Río de la Plata, remontaron algún brazo del delta del Paraná y así el río homónimo hasta llegar a la desembocadura del río Carcarañá, y en este sitio –actual Puerto Gaboto– el 9 de junio de 1527, fundó el fuerte Sancti Spiritu que fue destruido en septiembre de 1529 por los timbúes, por lo que huyeron hacia el Puerto San Salvador.

Diversos contratiempos hicieron que no llegara hasta allí y fundara el 22 de enero de 1532 la primera villa del Brasil en São Vicente.

Poco después el fuerte volvió a establecerse en Corpus Christi y allí se refugiaron los españoles cuando los indígenas incendiaron el puerto de Nuestra Señora del Buen Ayre en diciembre de 1536 (reconstruido poco después).

Como no se conocía el destino de Ayolas -a quien Mendoza designó su lugarteniente- el rey concedió el gobierno provisional de la provincia a Núñez Cabeza de Vaca, quedando subordinado a Ayolas si reaparecía, excepto por la isla de Santa Catalina en la que se le otorgaba una merced por 12 años.

Desde allí llegó en sus exploraciones hasta el Alto Perú, ya conquistado por otros españoles.

Se le daba por dos vidas los títulos de adelantado, gobernador, capitán general, alguacil mayor y teniente de las dos fortalezas que podía edificar.

Debía fundar una ciudad sobre el Río de la Plata y otra en la costa del Brasil.

Su territorio difería del otorgado a los anteriores adelantados y su límite sur se apoyaba en el paralelo 31° sur, desde donde se contaban hacia el norte 200 leguas.

Se le asignaba además los territorios que quedaban al sur del paralelo 31° sur entre el Río de la Plata-Paraná y la costa del Atlántico, por lo que la despoblada Buenos Aires quedaba fuera de la jurisdicción.

Considerando que la legua era 17,5 por grado, el límite norte se apoyaba en el paralelo 19° 34' 17'' sur, desde Pisagua a Uberaba, en donde alcanzaba la línea del Tratado de Tordesillas y descendía hasta Cananéia.

En 1555 partieron hacia Asunción al ser atacada la población por corsarios franceses.

Diego de Sanabria partió con el resto de la expedición, que fue a dar al mar Caribe, desde donde pasó al Perú y luego a Potosí.

Cerca de allí Chaves se encontró con Andrés Manso que desde el Perú intentaba fundar una gobernación entre los chiriguanos y para evitar una confrontación sometieron la disputa al virrey del Perú.

Como residía en Chile nombró su lugarteniente a Ñuflo de Chaves.

Andrés Manso no se conformó con el dictamen, resistió las órdenes virreinales y preso fue enviado a La Plata.

Como interino en Asunción dejó a su lugarteniente Juan de Ortega.

El 26 de noviembre de 1573 arribó a la isla San Gabriel en donde levantó un fortín y decidió renombrar a la provincia como Nueva Vizcaya.

El 29 de diciembre de 1573 se produjo el combate de San Gabriel entre charrúas y españoles, en el que los primeros resultaron triunfantes, por lo que debieron retirarse a la isla Martín García dejando sólo una guardia en la anterior.

En mayo de 1573 fundó cerca de la desembocadura del río San Salvador la Ciudad Zaratina o San Salvador, en el mismo sitio en donde Gaboto había fundado un fuerte.

[19]​ Había designado como sucesor bajo testamento a quien se casara con su hija Juana Ortiz de Zárate y Yupanqui nacida de la unión con la princesa inca Leonor Yupanqui y mientras se eligiese el candidato ocuparía interinamente el gobierno su sobrino Diego Ortiz de Zárate y Mendieta.

En 1590, Torres de Vera y Aragón se dirigió a España por la vía del Perú y Panamá para reclamar lo que había invertido en las fundaciones de ciudades y revalidar su título de gobernador, cosa que no consiguió.

En las costas de Brasil y del Río de la Plata se encontraban algunos corsarios ingleses intentando tomar el puerto de Buenos Aires y entrar por allí a la provincia del Tucumán, para luego tomar el camino hacia Charcas.

Como la provincia del Río de la Plata y del Paraguay se encontraba sin gobernador, el virrey le encargó a Fernando de Zárate ambas gobernaciones para que acuda en la defensa del puerto ante un posible ataque de los corsarios.

En 1598 sumió Diego Valdez de la Banda, quien murió poco después reasumiendo Hernandarias en 1600, siendo confirmado como gobernador por Felipe III en 1601.