[2]​ Tenía por lo menos tres hermanos mayores, siendo el primogénito Lope de Mendieta (n. ca.

[23]​[24]​ Había designado como sucesor bajo testamento a quien se casara con su hija Juana de Zárate la Ñusta.

Mientras se eligiese el candidato ocuparía interinamente el gobierno su sobrino Diego Ortiz de Zárate y Mendieta que lo haría desde 1576 hasta 1577.

[18]​ El conquistador Juan Ortiz de Zárate estuvo amancebado con la princesa inca Leonor Yupanqui[27]​[28]​[29]​[30]​[31]​[32]​ (n. Cuzco,[27]​ ca.

1490-1545), que había sido el segundo rey vasallo bajo el dominio de los españoles, y su cónyuge Cura Ocllo.

Por lo tanto su concubina Leonor[30]​ y la cuñada Beatriz eran sobrinas nietas[30]​ del auqui o príncipe Ninan Cuyuchi, del cuarto emperador Huáscar,[33]​ del quinto emperador Atahualpa,[30]​ del auqui Rumiñahui, del ya citado primer rey vasallo Túpac Hualpa "Toparpa",[34]​ del auqui Paullu Inca y de Inés Huaylas Yupanqui (n. 1518-1559) —concubina del marqués Francisco Pizarro, gobernador de Nueva Castilla desde 1529/1533 hasta 1541, y padres de la mestiza hispano-inca Francisca Pizarro Yupanqui que se matrimonió con su tío Hernando Pizarro aunque su descendencia se extinguiría— siendo todos hermanos entre sí, y también de Isabel Chimpu Ocllo[35]​ (n. ca.1523-1571) —que estaba enlazada con el hidalgo hispano-extremeño Sebastián Garcilaso de la Vega,[35]​ corregidor del Cuzco desde 1554, y padres del literato historiador mestizo Inca Garcilaso de la Vega— además de bisnietas del tercer emperador inca Huayna Cápac[27]​[31]​ (n. ca.1467-1527) y de su esposa Mama Cusirimay, sobrinas bisnietas del auqui o príncipe imperial Huallpa Túpac Inca[35]​ (n. ca.1480) y tataranietas de Túpac Yupanqui[31]​[32]​[35]​ (n. 1441-1493) quien fuera el segundo emperador inca y el décimo soberano desde 1471, y de su esposa principal y hermana Mama Ocllo Coya.