Emprendió una campaña contra los payaguás, itatines y guacharapos o guarapayos, estos lo emboscaron con 10 000 lanzas[2]​ el 12 de noviembre de 1568 pero Cáceres consiguió una celebrada victoria.

[3]​ El día anterior, el 11 del corriente, era nombrado por Juan Ortiz de Zárate como gobernador interino del Río de la Plata y del Paraguay, cuando partió para España a confirmar su nombramiento de adelantado ante el monarca.

[3]​ Al año siguiente, en el día 1 de enero, entró triunfante en Asunción del Paraguay y fue nombrado oficialmente gobernador por su lugarteniente asunceno Juan de Ortega, para luego emprender una expedición al delta del Río de la Plata en 1570.

[5]​ Durante el largo viaje a España, el obispo fallecería cuando hicieran escala en la villa lusobrasileña de San Vicente[6]​ en mayo de 1574 y al llegar Felipe de Cáceres a destino, fue sometido a juicio y finalmente sería absuelto de culpa y cargo.

Felipe de Cáceres fallecería siendo muy longevo en alguna parte del Imperio español.