[1]​ Pasó a Sudamérica con la expedición colonizadora del adelantado Pedro de Mendoza, por lo cual sería vecino fundador de la primera Buenos Aires.

[2]​[3]​[4]​ En los años 1537 y 1539, Juan de Ortega se había quedado remplazando, como lugarteniente que era y sin tomar el interinato, al capitán Francisco Ruiz Galán quien ocupara el cargo de teniente de gobernador de Buen Ayre, Corpus Christi y Buena Esperanza, cuando fuera este hacia Asunción para asumir en forma interina la gobernación del Río de la Plata y del Paraguay, aunque sin lograr sus objetivos por la sentencia de Alonso de Cabrera que portaba la real cédula imperial, adjudicándosela al capitán Domingo Martínez de Irala.

Al llegar a destino a finales de agosto del mismo año, no pudo cumplir dicho objetivo porque los pobladores se resistieron y algunos por los maltratos huyeron al Brasil.

[7]​ En su arribo al puerto hacía poco tiempo que el marino genovés León Pancaldo[8]​[9]​ había fallecido.

El ya maduro capitán Juan de Ortega se había unido en matrimonio hacia 1558 con la joven Leonor de la Torre (n. ca.