El padre era el vizcaíno[3]​ Juan Ortiz de Zárate[1]​[4]​ (n. España, ca.

Fue lugarteniente del gobernador Garay en 1583, quien a su vez había remplazado en la gobernación al adelantado Juan Torres de Vera y Aragón pero al morir asesinado Juan de Garay en el mismo tiempo por el cacique Manúa —los guaraníes se sublevaron bajo el mando de Guayuzalo— que con sus aborígenes guerreros atacaron la ciudad de Buenos Aires, esta fue defendida por Ortiz de Zárate con éxito.

[8]​ Fue elegido popularmente para ejercer en forma interina el mando de la gobernación en abril, hasta que llegase el nuevo titular nombrado por el adelantado.

[10]​[11]​ Como la ciudad de Buenos Aires no tenía templo mayor, en el año 1586 ayudó al obispo Alonso Guerra y a un grupo de vecinos para construir uno, pero no frente a la plaza mayor fijado por Garay, lo que provocaría un pleito y el abandono de la ciudad por parte del obispo y del teniente de gobernador, con una sentencia contraria al emplazamiento del templo fechada el 8 de agosto de 1591.

[12]​ Volvió a ser nombrado teniente de gobernador de Buenos Aires durante la segunda mitad del año 1606.