Las primeras noticias sobre Cusi Huarcay la presentan como la hermana y esposa del Inca Sayri Túpac, a quien acompañó en su salida de Vilcabamba hacia el Cuzco.

Sin embargo, al poco tiempo Sayri Túpac enfermó, posiblemente envenenado por orden de su enemigo político local Chilche, y decidió dictar su testamento.

En 1564, Cusi Huarcay trabó amistad con uno de los vecinos más ricos del Cuzco, Arias Maldonado.

El forzoso compromiso entre una ñusta y Cristóbal Maldonado, pariente de Arias, escandalizó a la ciudad.

En 1586, Cusi Huarcay escribió al virrey Fernando Torres pidiendo autorización para regresar a su amada Vilcabamba.