[1]​ Cuando la orden agustina llegó a la ciudad en 1569, muchos de los solares ya había sido repartidos por el cabildo, por lo que fue el obispo quien les entregó terrenos en la parroquia de Santa Bárbara,[2]​ Sin embargo, en 1573 se mudaron a su predio actual donde lograron adquirir más terrenos que fueron integrando a su nuevo espacio[2]​ aunque la iglesia sería levantada recién entre 1606 y 1617 por Juan del Corral[3]​ Los planos se basaron en los que el arquitecto Francisco Becerra diseñó en 1581, quien también trabajó en el diseño de la Iglesia de Santo Domingo,[3]​ ambos proyectos habían quedado inconclusos cuando Becerra se mudó a Lima[4]​ La iglesia y la fachada se terminaron de construir en 1669[2]​ Detalles de la portada principal revelan el estilo neoclásico impreso por Diego de Escarza, en el que se destacan elementos decorativos españoles y amerindios.

[1]​ El campanario alcanza una altura de 37 metros y en su interior aún se encuentran funcionando las mismas campanas colocadas allí en el siglo XVII.

El convento levantado en el siglo XVI, que tiene una entrada separada hacia el lado oriental de la fachada, conforma un solo complejo arquitectónico junto con el templo y un pequeño atrio con cruz de piedra en la esquina diametralmente opuesta al ingreso de este último.

[4]​[6]​ Su reconstrucción, hecha en el siglo XIX, dejó como resultado unas «bóvedas falsas»[4]​[6]​[7]​ que son las que se ven en la actualidad.

La tribuna para los oradores se erige en un extremo de la sala y al igual que la sillería está labrada en madera, pero cubierta con pan de oro.