[1]​ La donación incluía más de 600 objetos entre pinturas, esculturas, piezas arqueológicas, armas y misceláneos.

[3]​ En el año 1987 el museo debió cerrar sus puertas debido a daños menores en la estructura del edificio, fruto del sismo que sacudió Quito ese año.

Entre 1958 y 1959 se emprendió un plan de recuperación integral del inmueble a cargo del ingeniero Juan Villacreses, quien reforzó la estructura con acero y concreto, incluyó cableado eléctrico e instalaciones sanitarias, rehabilitó la gran puerta de piedra ubicada sobre la calle Espejo, diseñó el jardín afrancesado del patio central, la fuente de piedra y recubrió la parte baja de la fachada con piedra ornamental.

A partir de las 600 piezas donadas originalmente al Municipio por Alberto Mena Caamaño, la colección del museo se incrementó con el paso de los años gracias a otras donaciones privadas y compras realizadas por el cabildo capitalino.

En la actualidad, la colección de 5819 piezas está compuesta por los siguientes fondos:[6]​ El museo cuenta con una exposición permanente importante, a la que titula "De Quito al Ecuador (1736-1830)", y que abarca varios capítulos importantes acaecidos en la ciudad de Quito desde la llegada de la misión geodésica francesa en el año 1736, hasta la anexión de la Real Audiencia a la Gran Colombia, como departamento del Sur en 1822; aunque hay pequeñas secciones dedicadas a la historia previa y posterior a estas fechas.