En un marco reducido representó el "Juicio Final" del Dies irae.En un pequeño papel volante captó la impresión de la primera luz eléctrica en Quito.En cuadros de tamaño limitado interpretó las costumbres populares,panoramas y paisajes,naturaleza muerta,aves y motivos religiosos.

Un año después reabrió la Escuela de Bellas Artes en Quito y se sumó al cuerpo docente a pedido del ministro de Educación, escritor y pintor Luis Alfredo Martínez.

Sus discípulos le organizaron solemnes exequias en la Catedral y publicaron en el diario El Comercio un "laudatorios artículos en su memoria".

[7]​ En la década de 1870, Pinto lidera un nuevo movimiento plástico en el que se retratan los aspectos populares del Ecuador, sus paisajes y su gente.

Fue el primero en retratar al indígena a través de la litografía y la acuarela, registró objetos arqueológicos, trabajó en escenas costumbristas y paisajistas, producto de sus viajes por la Sierra.

[6]​ Trabajó junto a Federico González Suárez en los libros Estudio arqueológico sobre los cañaris (1878), Atlas Arqueológico del Ecuador (1910) y Los aborígenes de Imbabura y del Carchi (1910), representando las figuras de cerámica y piezas utilizadas por las culturas aborígenes del territorio, láminas que el artista Abraham Sarmiento editó en la ciudad de Cuenca.

Puso su rostro para retratar a su patrono San Joaquín, y también se dibujó entre las almas del purgatorio en varios cuadros de temática religiosa.

[1]​ Entre sus principales obras cabe mencionar:[3]​[4]​[8]​[9]​ Entre los pocos reconocimientos que recibió el artista durante su vida, se cuentan los siguientes:[4]​ El historiador José Gabriel Navarro, alumno de juventud de Joaquín Pinto, dijo: "Su arte es personal, y como pocos le comprendían, no tuvo mecenas que lo apoyaran".

[4]​ Según la curadora quiteña Adriana Chávez, quien se ha especializado en la obra del artista, la importancia de Pinto en la plástica ecuatoriana radica en que fue el único de su generación que hizo arte desde el país, ya que sus contemporáneos, como Luis Cadena o Juan Manosalvas recibieron ayuda del Estado para estudiar arte en Europa.