El Archivo se organizó en seis secciones: legislativa, ejecutiva, judicial, municipal, topográfica e histórica.En esta primera etapa se conoce que estuvieron a cargo del Archivo dos mujeres: la señorita María Cordero y León y la señora Zoila Ugarte de Landivar, quienes hicieron los primeros intentos por organizar la documentación, contando con listados y sistemas de clasificación.Años después, para el año 1944 el presidente José María Velasco Ibarra integra el Archivo a la Casa de la Cultura Ecuatoriana, contextualizando la actividad del archivo dentro del ámbito cultural.En el año de 1982 se promulga en el Ecuador la Ley del Sistema Nacional de Archivos, para el año 1983 se publica el Reglamento a la Ley del Sistema Nacional de Archivos que complementa y amplía las disposiciones emitidas por la Ley.El ahora Archivo Histórico Nacional (AHN); según este cuerpo normativo preside la Red de Archivos Históricos conformado por las entidades públicas que “conserven documentación histórica, patrimonial, o de interés para la memoria social”, y las instituciones privadas que deseen adherirse.