[3] Esto a su vez le permitiría ser parte del Ayuntamiento y posteriormente serviría como Secretario de la Real Hacienda.
En ese momento sería cuando entraría en contacto con Vicente Rocafuerte, quien tendría un rol protagónico en la independencia de México.
Morales buscaría destituir a las autoridades que le desterrarían y en 1808 lo intentaría usando como pretexto la invasión del ejército napoleónico a España.
Por esta razón regresaría a Quito y formaría parte del proceso revolucionario quiteño.
Por esta razón sería detenido y lo encarcelarían dos meses y medio más tarde, cuando la Junta de Quito capituló ante el mismo Ruiz de Castilla.