Como consecuencia de dicho proceso, los territorios liberados serían anexados a la Gran Colombia conformando el Departamento del Sur, pero con varios problemas lo que causaría la oposición de Olmedo y Vicente Rocafuerte, y que finalmente desembocaría en su separación en 1830.
Alrededor de este proceso hubo muchas personas que estuvieron involucradas en distintas disciplinas.
[5] De la misma manera, tendría problemas con las autoridades, puesto que la Universidad se negaría a graduarle hasta que legitimara y limpiara su nombre, pues al ser hijo natural, no se le consideraba apto para el grado.
Cuando en 1808 las tropas franceses invaden la Península, Mejía Lequerica se une a la lucha contra los invasores, enrolándose en el ejército popular.
A esta día se le conoce como el primer grito de la independencia.
Retornaría entonces a su palacio dos meses después el 25 de octubre contando con gente que le apoyaba.
Ocurriría en el Palacio Real, donde se repartirían los cargos del nuevo Gobierno y redactarían la Constitución correspondiente.
La Regencia elaboró una lista de españoles nacidos en América que ya se encontraban en España.
Sólo uno de los 36 diputados americanos llegó a tiempo para la sesión inaugural, Ramón Power y Giralt.
Dadas las contingencias bélicas derivadas del desplazamiento forzoso de Fernando VII, la regencia anunció que actuaría como ejecutivo hasta su restauración.
Fue un diputado que destacó por su educación, se alió a los liberales, entabló amistad con Agustín de Argüelles en los primeros momentos del constitucionalismo gaditano, aunque cuando proponía su posición americanista a veces no veía respaldo en este grupo por lo que se fue alejando paulatinamente.
Su propuesta fue que el Estado Liberal basado en los tres poderes Ejecutivo, Legislativo y Judicial, cambie sus tratamientos honoríficos:[12]
Junto con Vicente Morales Duárez y Ramón Power buscaron hacer una propuesta que no solamente haga valer su presencia sino también respetar sus derechos.
La constitución mantenía que el sufragio no se determinaría por los requisitos de propiedad, y favorecía la posición de la clase comercial en el nuevo parlamento, ya que no había ninguna disposición especial para la Iglesia Católica o la nobleza.
El 4 de mayo destituyó a las Cortes Generales y gobernó como monarca absoluto.
De vuelta en Quito fue nuevamente perdonado por el presidente Toribio Montes, quien había llegado a la Audiencia para pacificar las revueltas.
Al verse derrotados se convertirían en fugitivos por lo que buscarían refugio en la selva de Malbucho.
Los últimos estarían aliados a los negros esclavos y libres que estaban apoyando en la causa.
Esta tenía como objetivo incorporarse a la otra comunidad fugitiva establecida en las montañas de Malbucho y en el río Tululbí.
Así las cosas arribaría el barco que tenía originalmente como destino Venezuela y se quedaría allí por varias semanas.
Sería durante este momento cuando entrarían en contacto con el resto de líderes que lucharían por la emancipación.
No se preocuparían por los hombres de los torpederos capitaneados por Joaquín Villalba, ya que habían estado fuera del puerto el día anterior, y había oportunidad de resolver este problema si la revolución se coronaba con el éxito.
Esto a su vez les permitiría tener la vía abierta hacia Guaranda y tomar la ciudad.
Durante marzo y abril, los realistas continuaron su marcha hacia el norte, evitando con éxito la batalla con la caballería patriota.
El objetivo principal era definir cómo terminaría la guerra de independencia, dado que los realistas se estaban reorganizando.
Por esta razón propuso Solano un "Imperio en los Andes" que sea una monarquía, eligiendo democráticamente al primer rey, siendo Bolívar probablemente el elegido.
Estos, según argumentaba, eran lo suficientemente grandes como para considerarse autosuficientes, debilitar al gobierno central y aspirar a la autonomía.
Esto sin embargo no sucedió, por lo que el proceso de disolución sería inminente.
Esto no era descabellado ya que había sido anteriormente presidente de Bolivia y Perú.
En 1831 Flores intentaría anexar a Cauca al Ecuador, pero fue derrotado por Obando y debilitado por revueltas internas.