Un mes después, en el mismo año, se creó una nueva nación denominada Provincia Libre de Guayaquil, con una constitución provisional.

Mientras tanto, Simón Bolívar presiona automáticamente a Guayaquil, con el fin de anexarla también.

El presidente de Guayaquil, Olmedo, ratificó la decisión del pueblo guayaquileño de mantenerse independiente o de seguir unido al Perú y se negó a la integración colombiana, lo cual generó roces diplomáticos con el libertador Bolívar,[6]​ y ante una eminente invasión, envió cartas al libertador San Martín para que interceda en el conflicto.

La orden fue dada y se generó una gran controversia con Sucre, que tenía el mando del ejército unido.

Finalmente, el mismo San Martín intervino para no generar un división entre fuerzas independentistas y pide que se cancele la orden.

Las tropas peruanas permanecieron en la sierra y no bajaron al litoral de Guayaquil.

José de San Martín llegó a la ciudad puerto, sólo con sus edecanes y escolta, al mando de Pedro Nolasco Fonseca, siendo recibido por Bolívar mostrando su autoridad militar, más que política, dado que las fuerzas colombianas tenían tomada la ciudad puerto.

En esta carta, Pérez afirma que, al contrario de todo lo dicho, el encuentro entre San Martín y Bolívar fue cordial.

Frente a esta oposición y a la defensa que Bolívar hizo de la democracia y del Congreso de Angostura, San Martín dijo que el principado podría venir después.

Al final, tras ofrecer toda su ayuda en espera que Colombia hiciera lo mismo con Perú, el Protector dejó en claro que la reunión fue una visita sin carácter oficial y sin ningún objeto político y militar.

Tras su encuentro, a Bolívar le quedó claro que San Martín no tenía ni las fuerzas ni el apoyo militar para asumir la victoria final sobre los españoles, que tenían una fuerza importante en el virreinato más rico y contaban con una aristocracia poco afecta a las ideas republicanas.

Olmedo en una conmovedora misiva le hizo conocer a Bolívar su desacuerdo con las medidas adoptadas con su pueblo.

El Congreso ya instalado eligió como su Presidente al religioso Francisco Xavier de Luna Pizarro.

Al llegar San Martín a Perú se retiró de todos los campos.

En la madrugada del día 22 de septiembre, en el bergantín «Belgrano», se embarcó rumbo a Valparaíso.

La entrevista de Guayaquil inspiró a Jorge Luis Borges a escribir el cuento Guayaquil publicado en El informe de Brodie (1970), en donde explora la posible relación psicológica entre San Martín y Bolívar.