Ingresó muy joven al ejército español donde inició como militar pero decidió enlistarse a las fuerzas independentistas de Simón Bolívar.

Su mandato se caracterizó por el caos administrativo, la corrupción, la revuelta permanente y el abuso de los soldados.

Se firma un documento denominado Pronunciamiento Popular de Guayaquil, y Flores fue al destierro.

Había cuatro grupos disputándose el gobierno, y el presidente del momento, García Moreno, le solicita su ayuda.

Flores dirige un ejército y derrota al general Guillermo Franco quien, con el apoyo de Francia, estaba en la zona portuaria.

La Sierra sur vivía de la agricultura, la pequeña minería, los tejidos, las artesanías, la cascarilla y el ganado.

Su economía se hallaba también en crisis, pues había cofinanciado las guerras de la independencia peruana.

Ecuador comenzaba su vida soberana con una realidad económica positiva en una región y negativa en las dos restantes.

Los pequeños propietarios de ambas regiones temían ser succionados por esos centros absorbentes.

Sucre prefirió viajar a Bogotá, al Congreso Admirable, antes que quedarse en Ecuador en donde se había convocado una constituyente en la ciudad de Riobamba.

El Presidente Juan José Flores, luego de mandar guarniciones a Pasto, visitó esas ciudades, donde expidió un decreto en que declaraba incorporado el Cauca al Ecuador.

El General José Hilario López, se sublevó en Popayán en favor de Nueva Granada y se entabló un enfrentamiento militar contra el ejército Ecuatoriano dirigido por Flores y el Granadino, comandado por José María Obando.

Los candidatos a cargos de representación popular necesitaban una mayor cantidad y 30 mil pesos en bienes raíces para ser elegible para presidente.

Este fracaso y los privilegios de los mal vistos militares venezolanos volvieron impopular al presidente.

Desde mayo de 1833 esta sociedad se opuso al gobierno en el periódico del mismo nombre.

Flores terminó su mandato con una crisis política y la amenaza de la disolución del estado.

Rocafuerte, aclamado como jefe supremo del Guayas en una asamblea popular, convocó una segunda Convención (constituyente) para reformar la Carta Política y cerrar la posibilidad de una federación con Colombia.

El poeta Olmedo, en honor a la victoria y dirigiéndose al Chimborazo, lo conminaba: "Rey de los Andes, la ardua frente inclina, que pasa el vencedor".

La intervención de Flores con dos mil soldados en Nueva Granada contribuyó más a su deterioro.

Creía Flores que en lo personal daría una lección al insurrecto general Obando, su antiguo enemigo e inveterado calumniador en lo del asesinato de Sucre.

Se figuraba que en lo público recobraría, en parte al menos, los territorios perdidos en su primera administración e ingresarla a las arcas fiscales 300 mil pesos por compensación colombiana.

Pero cuando tuvo que intervenir nuevamente en Pasto, la popularidad de Flores empezó a declinar.

Además, contenía principios como la libertad de cultos en lo privado y cerraba el camino a la politización del clero.

A esto se agregó una conspiración dirigida jóvenes intelectuales en Quito, entre ellos Gabriel García Moreno; y del "nacionalismo" de los notables guayaquileños, todo ello atizado por los 14 manifiestos "A la Nación", lanzados por Rocafuerte desde Lima entre 1843 y 1845.

Esos manifiestos llamaban a insurrección en nombre del nacionalismo: "Unión, entusiasmo, valor constancia y pronto el triunfo será vuestro.

"Y los acontecimientos se precipitaron a la voz atronadora de Rocafuerte", escribe el historiador Luis Robalino Dávila.

Los sublevados formaron un gobierno provisorio al que se adhirieron Manabí y Cuenca.

Durante un tiempo residió en Costa Rica, donde tuvo estrecha amistad con el presidente José María Castro Madriz.

El Congreso lo declaró ciudadano esclarecido de Costa Rica, pero Flores declinó el honor y poco después abandonó el país.

[21]​ Se dice que el barril de alcohol quedó abandonado en el puerto, y unos marineros lo vendieron un tabernero del Malecón.