En 1847 vivió en Santiago de Chile y envió a la poetisa Carolina Lizardi un poema de corte romántico titulado «Adiós a la naturaleza» que indirectamente la incitó al suicidio con veneno.

El escándalo social fue grave, se tejieron escabrosos comentarios y nació su fama literaria.

García Moreno fue proclamado Presidente del Ecuador en 1861 y Antonio Flores «joven amabilísimo, en extremo generoso, amigo de sus amigos y muy indulgente con sus mismos enemigos, a quienes trataba con una bondad que ya pecaba de excesiva» fue enviado a Francia, de Ministro Plenipotenciario del Ecuador ante la corte del Emperador Napoleón III,[5]​ a su vez asumió el cargo de vocero del país para mantener una relación bilateral con los Estados Unidos, enviando cartas de carácter diplomático al presidente Abraham Lincoln, al confederado Jefferson Davis y al general Ulysses S.

En 1866 García Moreno obtuvo del presidente Jerónimo Carrión su representación personal para suscribir en Roma y con Monseñor Tavani, un «Convenio adicional al Concordato».

Su actuación no agradó mucho en Quito y García Moreno exclamó: «Este Antonio es más pícaro que su padre...» luego cambió de parecer y pocos meses después lo envió de Ministro Plenipotenciario a los Estados Unidos.

Su arribo coincidió con el carnaval y recibió varios baños de agua que soportó por educación.

Luego pasaron a su hacienda «Elvira» cerca de Babahoyo, para tomar vacaciones.

Mientras tanto, su esposa había alumbrado una segunda niñita y cayó enferma con infección puerperal.

Se dijo entonces pues muchos lo creían «algo despistado, bueno solamente para el servicio exterior».

José Plácido Caamaño fue elegido Presidente y lo designó Ministro Plenipotenciario en Europa para tratar con la Santa Sede sobre el convenio adicional de diezmos y la forma de su cobro y que converse con los demás gobiernos del Viejo Mundo sobre asuntos de interés para el Ecuador.

El cardenal Mariano Rampolla del Tindaro le rogó que no lo hiciera.

El diezmo gravaba un décimo a la producción agrícola y era rematado por particulares que lo recolectaban en especie durante las cosechas.

Se trataba de un privilegio concedido a principios del siglo XVI por el papa Julio II al Rey de España y que había sido heredado por los gobiernos hispanoamericanos.

El papa tuvo que intervenir para moderarlos y defender al presidente.

Flores renunció a la presidencia que no aceptada por el Congreso, los exportadores guayaquileños le dieron 20 000 sucres, y Ecuador expuso en su pabellón de 100 m² cacao, café, algodón, quina, maderas, cereales y una docena de otros productos a más de una colección arqueológica precolombina.

Flores sabía de finanzas y se propuso renegociar la deuda externa y, a la vez, conseguir préstamos frescos para continuar con los trabajos del ferrocarril de Guayaquil a Quito.

La deuda de 2 246 560 libras esterlinas se convirtió en la «Nueva Deuda Externa Consolidada del Ecuador» por 750 000 libras al 4.5 % de interés, y se empezó a pagarla con un impuesto adicional del 10 por ciento a los derechos aduaneros.

Se formó para administrar estos proyectos una compañía europea, la del conde Tadeo d'Oksza, a la que cederían sus derechos y obligaciones la Compañía del Ferrocarril y Obras Públicas de Guayaquil, compuesta de capitalistas guayaquileños.

«Esta fórmula significaba que Ecuador estaba dispuesto a ceder, al Perú, Tumbes y Jaén, conservando para sí Quijos y parte del Mainas», dice el excanciller Luis Valencia.

Por este motivo el Congreso ecuatoriano de 1894 retiró la aprobación que había dado a ese tratado.

[9]​ Su archivo y el de su padre regresaron en 1973 a la Pontificia Universidad Católica del Ecuador.