Este período se denomina como tal debido a la fuerte influencia que tuvo el general Juan José Flores, primer presidente del país.Guayaquil permaneció autónoma por breve tiempo, debido a los intereses colombianos y peruanos sobre su territorio.Varios movimientos autonomistas y separatistas se produjeron durante la existencia de la república colombiana.Al final ambos movimientos fueron aplacados y la autoridad colombiana volvió a regir sobre esos territorios.Para 1834, José Félix Valdivieso se nombra Jefe Supremo en la Sierra al igual que la Revolución de los Chihuahuas nombra a Vicente Rocafuerte jefe en Guayaquil, pero este es hecho prisionero por Flores, pero ante la situación tuvieron que pactar para acabar con la crisis en el país y derrotar a Valdivieso acusándolo de intentar integrar el Ecuador a Nueva Granada para restaurar la Gran Colombia.Al asumir nuevamente el mando prometió gobernar con todos los partidos políticos, para granjearse la voluntad del pueblo por ser extranjero.Fundó escuelas y construyó vías siguiendo el buen ejemplo de su antecesor.Faltando poco para terminar su segunda administración, hizo arreglos para no separarse del poder, reunió otra Asamblea Constituyente con sus allegados y consiguió que se expidiera la tercera Constitución que se conoce como Carta de la Esclavitud, por sus fatales reformas como estas: el Congreso se reunirá solamente cada cuatro años; el Presidente y el vicepresidente de la República durarán en sus funciones ocho años, pudiendo ser reelegidos con alternativas de un período, los senadores serán elegidos por periodos de doce años.Chimborazo, Pichincha, Imbabura y Carchi, fueron las provincias más afectadas que levantaron su protesta.El presidente de la república asumía el papel jefe del estado y del gobierno; ejerciendo el papel de nombrar a varios funcionarios en los distintos poderes, esto en un centralismo político.Este organismo servía para la regular el poder presidencial en su papel de nombrar tanto miembros del poder judicial y despedir a funcionarios públicos.
