El período termina en 1859, con la caída del presidente Francisco Robles, dando lugar a un periodo de inestabilidad que terminaría con el ascenso de Gabriel García Moreno al poder.

A su vez, todavía existían sentimientos secesionistas en lugares como Guayaquil, que había sido antes un estado independiente.

Se instaló la cuarta Asamblea Constituyente del país en Cuenca, con Pablo Merino a la cabeza, esta tenía el objetivo de realizar una nueva Constitución.

[1]​ La Asamblea rechazaría el Tratado de La Virginia firmado con Flores al considerarlos inaceptables y contrarios a la seguridad estatal.

La Constituyente aprobó a su vez los nuevos símbolos patrios, realizado por Olmedo con los colores tradicionales de Guayaquil, reemplazando el tricolor grancolombiano.

Al respecto se pronunció Vicente Rocafuerte, siempre fiel a su amigo Olmedo por quien además había votado diciendo que: "Se ha preferido la vara del mercader a la musa de Junín".

Su gobierno dio paso a obras como el apoyo a la educación, la cultura y la libertad de prensa hablada y escrita, algo que en la dominación floreana estaba mucho más restringido.

Pero los acuerdos diplomáticos hechos por Roca con los países sudamericanos y el Reino Unido impidieron los planes de Flores y del Reino de España, que buscaba restaurar sus colonias implantando una monarquía en el Ecuador.

Para complicar más las cosas tuvo que lidiar con una guerra tentativa con Nueva Granada, actual Colombia porque aún no estaban definidos los límites de los dos países.

Roca trataba de formar un Congreso Sudamericano para hacer frente a cualquier agresión europea.

Ecuador buscó el apoyo de los comerciantes ingleses, cuyos negocios se verían perjudicados con la reconquista.

Esto junto con un nuevo reglamento de educación primaria que terminaba con el castigo corporal y creaba premios.

La abolición de tributos hechos por los indígenas causó disgusto entre los terratenientes, aunque la producción de cacao superara a los resultados históricos obtenidos, incluso al auge disfrutado a finales del siglo XVIII.

Solo en 1855 hay un esfuerzo serio en este sentido; se comisionó a la Corte Suprema para que presentara un proyecto de Código Civil; iniciándose las labores y continuaron durante dos años hasta 1857, en que la Corte llegó a conocer el Código Civil Chileno, obra de Andrés Bello, que le pareció perfectamente aceptable para el Ecuador.

En cuanto a la actitud ante la iglesia no fue un periodo del todo homogéneo puesto que durante la presidencia de Novoa serían readmitidos los jesuitas, solo para sufrir una nueva expulsión durante el gobierno de Urbina.

García Moreno en mayo formó gobierno en Quito, siendo derrotado por Urbina el 3 de junio.