En este período asistió como diputado a la Convención Nacional de 1845 que se reunió en Cuenca, obteniendo celebridad por sus acertadas intervenciones.
Fue entonces llamado para formar parte de un Gobierno Provisorio nombrado por dicha Junta, que estuvo integrado además por Pacífico Chiriboga y, lógicamente, por el propio García Moreno.
[1] En lo eclesiástico, se intento suspender el Concordato firmado con la Santa Sede por su predecesor presidencial y poner de nuevo en vigor el patronato regio.
[2] Las obras continuaron prosperando, no se interrumpió el programa garciano, especialmente en la construcción de carreteras.
En el Congreso Nacional, Pedro Carbo Presidente en el Senado y Antonio Flores Jijón en la Cámara de Diputados, se elevaron acusaciones al régimen, cuya respuesta fue: una conspiración oportunamente develada, de cuyo resultado fueron reducidos a prisión algunos legisladores implicados en el movimiento subversivo; se hizo notar claramente el abuso del Ministro de Gobierno Bustamante, quien tuvo que dimitir, luego a un acuerdo con el Congreso.