Debido a una mala organización, la asamblea se reunió en Riobamba el 14 de agosto con 20 diputados y redactó la primera constitución política del Ecuador.
Las políticas aplicadas por Rocafuerte se basaban en la defensa de la libre empresa, la expansión del comercio, y en ciertos casos el anticlericalismo.
Ciertamente estas acciones favorecían a las ideas progresistas de Guayaquil, mientras entraban en conflicto con la élite serrana.
Rocafuerte decidió convocar un congreso constituyente y con ello se redactó la II Constitución.
[Nota 3] La Constitución de 1843 fue rechazada totalmente por la ciudadanía, la cual veía en la carta magna un argumento para que Juan José Flores se perpetúe en el poder.
La represión del gobierno ya había cobrado víctimas mortales para tratar de sostener la estabilidad.
[Nota 4] También se le sumaban los guayaquileños Vicente Ramón Roca y Diego Noboa, con el apoyo de los comerciantes costeños.
El oficial de guardia del cuartel ya se había comprometido anticipadamente con los revolucionarios, por lo cual dicho cuartel fue tomado fácilmente en manos de los marcistas, aunque se mostró cierta resistencia y represión por los pocos soldados floreanistas.
[Nota 5] Tras la victoria de los revolucionarios en Guayaquil, se iniciaron las represiones del gobierno con lo cual hubo varios enfrentamientos en todo el país.
El presidente Juan José Flores se atrincheró en su hacienda "La Elvira", a las afueras de Babahoyo, mientras que sus tropas estaban encabezadas por Tomás Carlos Wright.
Dicha hacienda se convirtió el fortín para los combates contra los revolucionarios dirigidos por Elizalde, quienes en los dos primeros enfrentamientos soportaron derrotas, sin embargo, finalmente vencieron a las fuerzas gobiernistas con el apoyo de Urbina.
El primer convenio manifestaba que ninguna persona podía ser molestada por sus opiniones pasadas, ni por los servicios que hubieran prestado a los beligerantes; y además se le indemnizaría a particulares las exacciones hechas por los beligerantes.