[2]​ Instaurada la República del Ecuador, el presidente Juan José Flores (1830-1835/1839-1845) lo nombró Jefe de Estado Mayor, pero cuando el gobernante intentó eternizarse en el poder se opuso, pasó a la oposición y tomó parte activa en la Revolución Marcista que en 1845 puso fin a la dominación floreana.

El Congreso decidió entregar al vicepresidente Manuel de Ascázubi el encargo del poder ejecutivo.

Las provincias de Azuay, Loja y Manabí proclamaron la Jefatura Suprema del general Antonio Elizalde.

[3]​ Diego Noboa elegido como nuevo presidente (1850-1851) inició su gobierno realizando una purga política en el país, por temor a una revolución: ordenó el destierro de numerosos contrarios, entre ellos el general Antonio Elizalde y expulsó del ejército ecuatoriano a sus partidarios: los militares elizaldistas.

[4]​ Exiliado en la República del Perú, es elegido Ministro Plenipotenciario por el recién electo presidente José María Urbina (1852-1856).