Sin embargo, el incumplimiento del acuerdo y los agravios mutuos empujaron a un reinicio de la guerra, evento que se evitó por la inestabilidad política en el Perú que condujo a la deposición de La Mar por Agustín Gamarra.

Al mismo tiempo, sin embargo, se sucedían los eventos que conducirían a la disolución de la Gran Colombia.

Sin embargo en los Andes centrales y el sur peruanos, los realistas mantuvieron su presencia durante tres años más.

[18]​ Además, las tensiones con ambos países aumentaron, debido al proyecto de reunificar ambos «Perúes» (el Bajo y el Alto Perú; este último, Bolivia) bajo la República Peruana,[19]​ los conflictos sobre la posesión de Tumbes, Jaén y Maynas[20]​ y la oposición a la anexión colombiana de Guayaquil.[20]​[n.

[23]​ En la sublevación, Sucre resultó herido y tuvo que asumir el poder José María Pérez de Urdininea.

[29]​[30]​ Dichas exigencias fueron rechazadas por el gobierno peruano, que las consideraba completamente exorbitantes e inaceptables.

[29]​ A su vez, tras recibir las noticias procedentes de Bolivia y la expulsión del diplomático colombiano Armero, Bolívar lanzó una proclama (3 de julio), que señalaba: «Armaos colombianos del sur.

Volad a las fronteras del Perú y esperad allí la hora de la vindicta.

A estos debía unirse Gamarra (nombrado como Comandante en jefe del Ejército) con 3.100 soldados.[n.

5]​[32]​ Por su parte, las fuerzas grancolombinas se dividieron en dos: Bolívar se dirigió hacia la región del Cauca para enfrentar la rebelión de los generales José María Obando y José Hilario López; a su vez, Sucre y Juan José Flores desplegaron sus tropas, compuestas por 4.600 efectivos, en el distrito Sur de Colombia.

La Mar ordenó a la escuadra peruana, al mando del almirante Martín Guise, dirigirse hacia el norte, para hostilizar las costas grancolombinas.

[41]​ La Mar empezó un movimiento en gran escala sobre Cuenca pero dejó en su retaguardia, en Saraguro, el parque del ejército.

[42]​ Enterado Sucre, ordenó al general Luis Urdaneta[n. 7]​ realizar un ataque sorpresivo sobre esta retaguardia aislada, mientras dormían, la noche del 13 de febrero.

[43]​ Sucre, mientras tanto, avanzó con sus fuerzas hacia la explanada de Tarqui, ubicando a la infantería en Narancay y a la caballería en Guagua-Tarqui (18 de febrero), manteniéndose en esa posición hasta el día 26.

El ejército grancolombino avanzó la tarde del 26 de febrero, sin embargo, las fuertes lluvias retrasaron su avance, y recién llegaron a Tarqui durante la noche.

Estas tropas chocaron con el escuadrón de caballería Cedeño (al mando del coronel José María Camacaro), iniciando así la batalla.

Sin embargo, dada la oscuridad y las dificultades del terreno, el Rifles entró en acción con poco orden y confundió a un grupo comandado por el capitán grancolombino Piedrahíta con las tropas peruanas, trabando con ellos la lucha.

Tras el desorden inicial, Plaza resistió durante 3 horas en su posición, a la espera del avance de La Mar y Gamarra.

Durante todo el trayecto, los restos de la división Plaza se vio continuamente acosada por la infantería y caballería grancolombina.

A las 7 de la mañana, el resto del ejército peruano recién se acercaba al campo, pero la división Plaza había sido casi batida e iniciaba su retirada y el ejército grancolombino ocupaba su posición.

Por su parte, tras haber diezmado y dispersado completamente a la avanzada peruana, Sucre ordenó continuar el avance grancolombino para atacar al grueso del ejército peruano, dando inicio a la segunda fase de la batalla.

Nieto aceptó el desafío y Camacaro terminó muerto de un lanzazo.

[32]​ Tras detener el avance de las fuerzas grancolombinas, el ejército peruano completó su repliegue y formó sus divisiones en la llanura, desplegando su caballería y artillería a la salida del desfiladero, a la espera de los siguientes acontecimientos.

La retirada peruana y el rechazo de la última ofensiva grancolombina concluyeron la batalla.

Sucre, insatisfecho con este resultado, no quiso arriesgarse a una batalla campal contra el ejército peruano con sus tropas exhaustas tras la marcha y el combate, sin contar las pérdidas en su caballería.

El periódico peruano de la época La Patria en Duelo publicó, en su primer número, un «Diario de oraciones» (citado por Basadre) que manifestaba que: «Nuestras tropas se han portado con la mayor bravura [...] No hemos sido vencidos, pues los enemigos nos han respetado de modo que no se han atrevido a pasar sus columnas al llano en que los esperábamos con el más ardiente deseo [...]».

[8]​ El mismo historiador cita las Memorias de José Rufino Echenique, testigo ocular de la batalla:[8]​ Nunca he podido comprender que se diera por perdida por nosotros aquella batalla habiendo reveses por una y otra parte, esperada y preparados nosotros para ella, quedando dueños del campo y con un ejército superior al del enemigo, aún después de aquellos reveses, se haya persuadido al mundo que la perdimos y nosotros consentir en ello, sin aclarar las cosas demostrando que no hubo batalla campal ni menos la perdimos.