Sin embargo, a mediados de 1820, las autoridades españolas en Lima descubrieron que Urdaneta simpatizaba con las emergentes ideas independentistas y lo separaron del batallón, y lo obligaron a volver a Venezuela junto con sus compatriotas, Miguel de Letamendi y León de Febres Cordero, quienes habían sido expulsados por las mismas razones.

[2]​ El bergantín angloamericano Tiber, que conducía a los tres venezolanos deportados del Batallón Numancia, arribó a la ciudad de Guayaquil haciendo escala y permaneciendo allí varios días.

Urdaneta, junto a sus compatriotas, hicieron amistades con varios guayaquileños que compartían sus ideas independentistas.

[3]​ La llegada del general Antonio José de Sucre a Guayaquil sirvió para reagrupar las fuerzas guayaquileñas con apoyo colombiano.

Sin embargo, tras enterarse de la muerte del libertador Simón Bolívar, Urdaneta depuso las armas.

[2]​ Luego de terminar su insurrección, el general Flores le proporcionó una escolta que lo conduciría hasta la isla Puná, y desde allí zarpó por vía marítima hasta Panamá.