Lavayen fue uno de los primeros en abordar la nave y tomar prisionero a Brown.
La noche previa a la proclama independentista, Lavayen acompañó al capitán Luis Urdaneta a capturar al Cuartel Daule, tras lo cual, junto a otros ocho voluntarios, atacaron y se apoderaron de la batería Las Cruces al sur de la ciudad.
Al pasar varios años, todavía bajo el mando del general Sucre, luchó en la batalla del Portete de Tarqui entre colombianos y peruanos.
Fue posteriormente puesto en libertad debido a negociaciones entre Rocafuerte y Flores.
Francisco de Paula Lavayen desempeñó varios cargos públicos y militares.